UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Gibson assembly?
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1375359778

Message started by Ilya Flyamer on Aug 1st, 2013 at 7:22pm

Title: Gibson assembly?
Post by Ilya Flyamer on Aug 1st, 2013 at 7:22pm
Возможно ли ожидать подбора праймеров для Gibson assembly в Ugene? Есть опен-сорсный проект (точнее, кажется, они обещают открыть код, когда доделают его вот ссылка на github: https://github.com/mrginglymus/Gibthon) gibthon.org, наверняка есть еще, который можно использовать, как мне кажется.

Title: Re: Gibson assembly?
Post by Ilya Flyamer on Aug 30th, 2013 at 10:14pm
Какие-нибудь комментарии?.. Стоит ли надеяться?

Title: Re: Gibson assembly?
Post by Konstantin Okonechnikov on Sep 3rd, 2013 at 5:38pm
Илья, привет,

я посмотрел на gibthon.

Судя по исходникам и допольнительной ссылке, данный тул является веб-приложением, поэтому так просто встроить его в UGENE как external tool не получится. В качестве возможной реализации можно задействовать ядро на Python, которое скорее всего придется модифицировать, либо просто реализовать подобный функционал по аналогии в UGENE.  Я добавил issue на встравивание gibson assembly в баг-трекер.  Самая главная проблема связанная с встраванием gibson assembly это приоритет задачи. Т.к. это не критический баг, а довольно большой новый функционал,то вряд ли стоит ожидать быстрого встраивания.

Я сам на текущий момент являюсь скорее external contributor и иногда занимаюсь реализацией и фиксом мелких багов, но gibson assembly не входит в спектр моих интересов.

Есть правда один способ ускорить разработку, однако для этого требуется определенный энтузиазм :) Проявление большей активности и оказание помощи разработчикам сильно способствует повышениею приоритета задачи. Н-р, можно написать письмо на алиас UGENE (ugene@unipro.ru) в котором бы объяснялся необходимый функционал и давался бы некоторый практический пример задачи (включающий входные и ожидаемые выходные данные).  В дальнейшем общение по email может потребовать ответы на вопросы разработчиков и первоначальное тестирование функционала, но также будет сильно способстовать разработке.  



Title: Re: Gibson assembly?
Post by Ilya Flyamer on Sep 3rd, 2013 at 7:15pm
Здравствуйте, Константин!
Спасибо за Ваш ответ!

Да, это правда веб-приложение, но, как я предполагал, сам функционал, может быть, можно применить.
В принципе, для этого не требуется никаких очень сложных вещей, этот метод очень напоминает обычное клонирование, но без необходимости использования рестриктаз, то есть можно собирать произвольные фрагменты, не обязательно ограниченные одинаковыми сайтами рестрикции. Так что, как мне кажется, реализовать это должно быть не особо сложно, модифицировав код для обычного клонирования. Также можно подключить primer3, но это менее важно.
Суть та же, ПЦРом получаются фрагменты, которые потом можно слеплять, причем даже сразу много фрагментов одновременно. Главное, чтобы эти ПЦР-продукты имели комплементарные друг другу концы.

Title: Re: Gibson assembly?
Post by Ilya Flyamer on Jul 31st, 2015 at 3:35pm
Хотел спросить, не ожидается ли прогресса на этом поприще. Много тулз онлайн умеет это делать, но неудобно переносить данные туда-сюда. Раз уж юджин для всего сразу для молекулярной биологии, то эта возможность очень важна, мне кажется.

Title: Re: Gibson assembly?
Post by Olga Golosova on Aug 3rd, 2015 at 3:19pm
Илья, мы помним об этом запросе, но не планировали его делать в ближайшее время. Если хотите, можем встретиться с Вами и обсудить этот вопрос более детально.

Title: Re: Gibson assembly?
Post by Ilya Flyamer on Aug 5th, 2015 at 4:56pm
Ясно. Я не уверен, что нам будет так легко встретиться, но я готов это обсудить более подробно иными способами.

Title: Re: Gibson assembly?
Post by Claire Ellison on Dec 27th, 2016 at 12:36am
Gibson AssemblyŽ was developed by Dr. Daniel Gibson and his colleagues at the J. Craig Venter Institute and licensed to NEB by Synthetic Genomics, Inc.

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.