UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Аннотирование генома
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1392022616

Message started by anna on Feb 10th, 2014 at 3:56pm

Title: Аннотирование генома
Post by anna on Feb 10th, 2014 at 3:56pm
Коллеги, стоит задача по аннотированию целого бактериального генома. в конценсусной последовательности выделили открытые рамки считывания, далее нужно искать гомологи в Генбанк. Не смогли разобраться, как это сделать. Пожалуйста, подскажите.

Title: Re: Аннотирование генома
Post by Yuriy Vaskin on Feb 15th, 2014 at 12:23am
Здравствуйте!

Пожалуйста, попробуйте запустить вложенную схему. Она проаннотирует ваш геном открытыми рамками считывания и найдет всевозможные гомологи через NCBI BLAST.

Чтобы запустить схему, нужно открыть вложенный файл в UGENE, нажать на элемент Read Sequence в области Parameters (справа) нажать Add file и добавить ваш геном, затем нажать на Write sequence и в Parameters указать Output file.

Далее нужно запустить схему. Кнопка Run workflow на панели сверху.



http://ugene.net/forum/YaBB.pl?action=downloadfile;file=orf-blast.uwl (2 KB | )

Title: Re: Аннотирование генома
Post by Евгений on Sep 30th, 2018 at 2:47pm
Уважаемые коллеги ! При попытке аннотирования части генома в данном случае 16S рРНК Helicobacter pylori выдается сообщение: The workflow task in progress - и на 66% прогресс становится бесконечным (ждал полтора часа). При попытке анализа полного генома: The workflow task in progress. There are problem - и всё. Анализируем файлы .bam Может быть кто то сталкивался с похожими проблемами ? Заранее благодарен.

Title: Re: Аннотирование генома
Post by Olga Golosova on Oct 1st, 2018 at 6:49pm
Здравствуйте, Евгений.

Спасибо за сообщение об ошибке!

Проблема возникает при использовании NCBI BLAST на длинных последовательностях. Мы починим ее в ближайшее время.

Предлагаю вам попробовать использовать локальную версию BLAST+ вместо NCBI BLAST. Пишите, если с этим потребуется помощь.

Title: Re: Аннотирование генома
Post by Olga Golosova on Oct 3rd, 2018 at 12:03pm
Здравствуйте, Евгений.

Мы поисследовали более детально проблему с NCBI BLAST и выяснили, что, к сожалению, в ближайшее время починить ошибку не удастся: мы используем API веб-сервера NCBI, которое во избежание перегрузки сервера накладывает ряд ограничений на запросы пользователей, в том числе на длину последовательности.

Сейчас мы собираемся выдавать в UGENE в такой ситуации более понятное сообщение об ошибке.

В будущем, возможно мы добавим возможность подключаться к серверу отличному от NCBI с продублированными данными.

Получилась ли у вас использовать локальный BLAST+? Если требуется помощь, обращайтесь!

Title: Re: Аннотирование генома
Post by Евгений on Oct 3rd, 2018 at 11:52pm
Ольга, добрый вечер !
При попытке установить из строки ncbi-blast-2.7.1+-win64.exe 87.4 MB 19.10.2017, 3:00:00 – установщик программы блокируется Windows 10 pro.
На всякий случай привожу параметры компьютера Intel Core i7-6700 ОЗУ 16 Гб. Система 64-разрядная.
С уважением Евгений :(


Title: Re: Аннотирование генома
Post by Olga Golosova on Oct 4th, 2018 at 2:16pm
Добрый день, Евгений!

Какой пакет UGENE у вас сейчас установлен?
Если вы использовали рекомендованный онлайн-инсталлятор с настройками по умолчанию или полный пакет, то инструмент BLAST+ у вас уже есть.

Соответственно в этом случае вы для начала можете попробовать использовать BLAST+ следующим образом:

1) Скачать или построить базу данных BLAST:
1.а) Скачать БД. Различные базы данных можно скачать по FTP с NCBI (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db). Например, можно использовать базу данных "Nucleotide collection (nr/nt)" или "16S ribosomal RNA sequences (Bacteria and Archaea)", как в BLAST в онлайн-сервисе (см. скриншот). Скачиваете соответствующие файлы и распаковываете их.
1.б) Построить БД в UGENE. В главном меню окна UGENE выбираете "Tools > BLAST > BLAST+ make database", задаете настройки в диалоговом окне (последовательности, путь до БД, базовое имя файлов БД и др.). В данном случае вы можете дополнительно включить в БД ваши последовательности.

2) Запустить поиск:
Открыть последовательность, которую вы хотите сравнить с последовательностями в БД. Появится окно редактора последовательности (Sequence View). В нем выбрать в главном меню "Actions > Analyze > Query with local BLAST+". В появившемся окне указать скачанную или созданную БД.

Когда разберетесь с тем, как осуществлять поиск для одной последовательности, можно автоматизировать эту задачу в дизайнере вычислительных схем (Workflow Designer).


BLAST_databases.png (225 KB | 28 )

Title: Re: Аннотирование генома
Post by Olga Golosova on Nov 2nd, 2018 at 2:14pm
Здравствуйте, Евгений.

Получилось у вас использовать локальный BLAST?

По поводу NCBI BLAST, мы попробовали другой подход в решении проблемы, и сейчас эта функция в UGENE стала работать лучше. Исправление будет включено в релиз 1.32. Если хотите, можем прислать вам промежуточную версию пакета UGENE.

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.