UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Primer library
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1417622035

Message started by Ilya Flyamer on Dec 3rd, 2014 at 10:53pm

Title: Primer library
Post by Ilya Flyamer on Dec 3rd, 2014 at 10:53pm
Отличная идея с библиотекой праймеров, спасибо! Хотелось бы предложить несколько идей по ее улучшению.

1) Добавить поле "Комментарий" или "Детальное описание" для каждого праймера
2) Добавить поля "Матрица" (с возможностью привязки к конкретному файла последовательности, чтобы открывать его напрямую, а также подсвечивать праймеры там), "Координаты праймера на матрице", поле с выбором прямой/обратный. Удобно иметь возможность указать, какой праймер с этим составляет пару, а также последовательность и координаты в сиквенсе их ПЦР-продукта. Наверное, стоит отображать по умолчанию праймеры из одной пары рядом друг с другом тогда, и рядом информацию про их ПЦР-продукт.
3) Добавить или поле "Проект", или возможность объединять праймеры в "папки"
4) Добавить возможность создавать свои поля
4) Добавить возможность поиска по базе
5) Добавить возможность добавления в базу из интерфейса просмотра последовательностей напрямую, или как добавление аннотации, или как выделения (или и того, и того).

Получилось довольно много, но на мой взгляд все это сильно улучшит юзабилити этой замечательной фичи.

Title: Re: Primer library
Post by Claire Ellison on Dec 27th, 2016 at 12:34am
These primers are designed for gene expression detection or quantification (real-time PCR). PrimerBank contains over 306,800 primers covering most known human and mouse genes. ... Xiaowei Wang, Athanasia Spandidos, Huajun Wang and Brian Seed:

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.