UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Экспорт аннотированной последовательности как SVG
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1433079278

Message started by Yury on May 31st, 2015 at 8:34pm

Title: Экспорт аннотированной последовательности как SVG
Post by Yury on May 31st, 2015 at 8:34pm
Добрый день!

В настоящий момент Ugene не умеет экспортировать аннотированную последовательность кроме как в PNG формате.
Это не очень здорово. Пример: открываем любой GBK, он чудесно показывается со всеми аннотациями. Добавляем свои features, genes, etc.
Сохраняем файл (в gbk всё попадает, Ok). Хотим сделать картинку для публикации - export идёт только в PNG, да ещё и разрешение зависит от экранного.
Приходится искать компьютеры с 4K разрешением, или возиться с виртуальными экранами. Да и потом поредактировать проблематично. Хорошо бы это добавить.
Или хотя бы запрашивать горизонтальный размер экспортируемого PNG (количество переделок минимально).

Title: Re: Экспорт аннотированной последовательности как SVG
Post by Olga Golosova on Jun 1st, 2015 at 7:58pm

Quote:
В настоящий момент Ugene не умеет экспортировать аннотированную последовательность кроме как в PNG формате.

Что Вы имеете в виду? В диалоге в текущей версии можно задать формат. При этом, правда, все равно экспортируется одна и та же статическая картинка.


Quote:
Сохраняем файл (в gbk всё попадает, Ok). Хотим сделать картинку для публикации - export идёт только в PNG, да ещё и разрешение зависит от экранного.

Что Вы хотели бы экспортировать? Аннотации в Zoom View или саму последовательность с трансляциями (Details View)?

Вообще, решили запланировать задачу по улучшению экспорта последовательности на один из ближайших релизов. Предварительное описание находится тут: UGENE-3434. Дополнительные пожелания и комментарии приветствуются :)

Title: Re: Ёкспорт аннотированной последовательности как SVG
Post by Yury on Aug 27th, 2015 at 11:36pm
Во-первых, из аннотации нет печати картинки. Если бы я мог напечатать в принтер типа PDF или PS - это бы 100% решило мою проблему. Во-вторых, когда нажимаешь кнопочку с фотоаппаратом (сделать screenshot) там предлагается куча форматов. Выбираешь SVG или PS - ТАДАМММ, получаешь в векторном формате битмап экранного разрешения. Самое простое, что можно сделать - если попросили экспортировать в PNG и/или TIFF или ещё куда - спросите про размер картинки по горизонтали и/или вертикали в пикселах. Пользователь потом сам разберётся.
Приаттаченая картинка - лучшее, что можно вытащить из аннотации. Если печатать - качество вообще-то позорное выходит† :(

Сделайте печать - это решит все проблемы.
HIV1.png (15 KB | 218 )

Title: Re: Экспорт аннотированной последовательности как SVG
Post by Olga Golosova on Aug 28th, 2015 at 10:17pm
Юрий, примерно через неделю-две планируется выпуск релиза UGENE 1.18.

В этом релизе улучшены возможности экспорта изображения последовательности и аннотаций. В частности, поправлен экспорт в SVG. В этот формат теперь можно по отдельности экспортировать Zoom View (это то, что у Вас на картинке) и Details View (это последовательность с трансляциями и т.п.). Попробуйте, пожалуйста, использовать эту версию и сообщите нам, что думаете о внесенных изменениях.


export_image.png (49 KB | 214 )

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.