UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Точное выделение последовательности
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1438331263

Message started by Ilya Flyamer on Jul 31st, 2015 at 3:27pm

Title: Точное выделение последовательности
Post by Ilya Flyamer on Jul 31st, 2015 at 3:27pm
Здравствуйте!

Такая проблема: очень непросто точно выделить участок последовательности. Под точно я имею в виду от конкретного нуклеотида до другого конкретного нуклеотида. Это легко делается, если они расположены близко. Если же они далеко, то приходится очень долго мотать последовательность. Если потратить лишнюю минуту, то можно запомнить точные координаты этих двух нуклеотидов, и выделить с помощью Ctrl+A. Но это лишние действия и время. Кроме того, как оказалось, невозможно таким образом выделить участок круговой молекулы, содержащий 0 - всегда выделяется противоположный фрагмент молекулы.
Самое простое - сделать, чтобы выделение работало в стиле текстовых редакторов: выделить один нуклеотид, промотать куда надо, и, зажав шифт, выделить второй. Тогда выделяется сразу и все между ними тоже. С круговыми молекулами этопроблему не решит, но это может решить мое второе предложение: было бы очень удобно добавить возможность инвертировать выделение. Таким способом можно, например, удобно выделить последовательность вектора без вставки, которая в нем есть: выделяем вставленный ген и инвертируем выделение.

Title: Re: Точное выделение последовательности
Post by Olga Golosova on Aug 3rd, 2015 at 1:59pm
Илья, добрый день!

По поводу редактирования мы так и планируем сделать (см. UGENE-4429). Я завела также баг про то, что у круговых последовательностей нельзя через диалог задать регион, проходящий через 0 (UGENE-4591).

А по поводу инвертированного выделения - его сейчас можно делать на circular view. Попробуйте для этого зажать Ctrl. Возможно, стоит подобное сделать и в Details view (где последовательность отображается), подумаем об этом.

Title: Re: Точное выделение последовательности
Post by Ilya Flyamer on Aug 5th, 2015 at 4:58pm
Ольга, спасибо за ответ!

По поводы инвертирования выделения - и правда, работает, но не совсем так, как я имел в виду. Удобно было бы добавить возможность сначала выделить какую-то последовательность, а уже потом инвертировать выделение (сейчас можно, зажав ctrl во время выделения, выделить "обратную" последовательность).

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.