UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Поиск сайтов рестрикции
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1440772677

Message started by Ilya Flyamer on Aug 28th, 2015 at 9:37pm

Title: Поиск сайтов рестрикции
Post by Ilya Flyamer on Aug 28th, 2015 at 9:37pm
Здравствуйте. Очень клево, что вся база REBASE  есть в юджин для поиска сайтов. Однако если надо найти хоть какие-нибудь рестриктазы, которые режут какую-то последовательность, то, при выборе всей базы, получается полный ужас - добавление аннотаций происходит очень долго, потому что ферментов так много. И основная фишка, что на каждый сайт рестрикции попадает очень много аннотаций ферментов, узнающих одинаковые сайты. Может, все "синонимичные" ферменты отмечать только один раз? И, может, каким-то образом сделать отдельную базу "часто используемых" ферментов, которые чаще всего можно найти в любой лаборатории? Второе, конечно, нетривиально...

Title: Re: Поиск сайтов рестрикции
Post by Olga Golosova on Sep 1st, 2015 at 4:04pm
Илья, про группы я создала UGENE-4691.



Quote:
И, может, каким-то образом сделать отдельную базу "часто используемых" ферментов, которые чаще всего можно найти в любой лаборатории? Второе, конечно, нетривиально...

Вы пробовали сохранять энзимы в файл и загружать их оттуда? В диалоге есть соответствующие кнопки: "Save selection", "Load selection".

Title: Re: Поиск сайтов рестрикции
Post by Ilya Flyamer on Sep 6th, 2015 at 4:16pm
Спасибо, Ольга! Интересная мысль про сохранение, должно помочь.

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.