UGENE Forum
http://ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Схема по генерации праймеров
http://ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1444804272

Message started by Vladimir8 on Oct 14th, 2015 at 1:31pm

Title: Схема по генерации праймеров
Post by Vladimir8 on Oct 14th, 2015 at 1:31pm
Привет!
Делаю схему: Генерация случайной ДНК -> Поиск корректной пары праймеров. Длинна генерируемой ДНК 10000 п.о. В результате работы выдаётся предупреждение, что корректных пар праймеров не найдено. Такого не может быть.

Второй вопрос, каким образом можно изменить параметры элемента "Поиск корректной пары праймеров", имеется ввиду температура отжига праймеров, GC состав и т.д.?

Title: Re: Схема по генерации праймеров
Post by Olga Golosova on Oct 15th, 2015 at 7:10pm
Здравствуйте, Владимир!


Quote:
Делаю схему: Генерация случайной ДНК -> Поиск корректной пары праймеров. Длинна генерируемой ДНК 10000 п.о. В результате работы выдаётся предупреждение, что корректных пар праймеров не найдено. Такого не может быть.

Проблема тут в том, что данный элемент принимает на вход не одну последовательность, а уже существующие пары праймеров (то есть мультифасту  c праймерами в формате left_primer_1, right_primer_1, left_primer_2, right_primer_2 и т.д.). На выходе остаются только пары праймеров, прошедшие проверку (пара не образует димеров и т.п.).

Чтобы найти праймеры с задаными параметрами Вы можете открыть сгенерированную последовательность в редакторе последовательностей и воспользоваться Primer3.


Quote:
Второй вопрос, каким образом можно изменить параметры элемента "Поиск корректной пары праймеров", имеется ввиду температура отжига праймеров, GC состав и т.д.?

Это возможно в случае, когда Вы используете описанный выше Primer3. В случае элемента "Поиск корректной пары праймеров" это пока невозможно.

Я создала несколько задачек у нас в трекере:
- Улучшить описание элемента, чтобы было понятнее как его использовать.
- Добавить новый элемент Primer3 в дизайнер вычислительных схем.
- Добавить больше параметров элементу поиска корректных пар.

Однако, хочу заметить, что пока эти задачи имеют для нас средний приоритет, то есть скорее всего в ближайшие новые версии программы не попадут. Если Вам требуется добавить какие-нибудь из этих улучшений быстро, Вы можете воспользоваться сервисом коммерческой поддержки в UGENE.

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.