Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Gibson assembly? (Read 3373 times)
Aug 1st, 2013 at 7:22pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Возможно ли ожидать подбора праймеров для Gibson assembly в Ugene? Есть опен-сорсный проект (точнее, кажется, они обещают открыть код, когда доделают его вот ссылка на github: https://github.com/mrginglymus/Gibthon) gibthon.org, наверняка есть еще, который можно использовать, как мне кажется.
« Last Edit: Aug 1st, 2013 at 8:52pm by Ilya Flyamer »  
IP Logged
 
Reply #1 - Aug 30th, 2013 at 10:14pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Какие-нибудь комментарии?.. Стоит ли надеяться?
 
IP Logged
 
Reply #2 - Sep 3rd, 2013 at 5:38pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Илья, привет,

я посмотрел на gibthon.

Судя по исходникам и допольнительной ссылке, данный тул является веб-приложением, поэтому так просто встроить его в UGENE как external tool не получится. В качестве возможной реализации можно задействовать ядро на Python, которое скорее всего придется модифицировать, либо просто реализовать подобный функционал по аналогии в UGENE.  Я добавил issue на встравивание gibson assembly в баг-трекер.  Самая главная проблема связанная с встраванием gibson assembly это приоритет задачи. Т.к. это не критический баг, а довольно большой новый функционал,то вряд ли стоит ожидать быстрого встраивания.

Я сам на текущий момент являюсь скорее external contributor и иногда занимаюсь реализацией и фиксом мелких багов, но gibson assembly не входит в спектр моих интересов.

Есть правда один способ ускорить разработку, однако для этого требуется определенный энтузиазм Smiley Проявление большей активности и оказание помощи разработчикам сильно способствует повышениею приоритета задачи. Н-р, можно написать письмо на алиас UGENE в котором бы объяснялся необходимый функционал и давался бы некоторый практический пример задачи (включающий входные и ожидаемые выходные данные).  В дальнейшем общение по email может потребовать ответы на вопросы разработчиков и первоначальное тестирование функционала, но также будет сильно способстовать разработке.  


 
IP Logged
 
Reply #3 - Sep 3rd, 2013 at 7:15pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Здравствуйте, Константин!
Спасибо за Ваш ответ!

Да, это правда веб-приложение, но, как я предполагал, сам функционал, может быть, можно применить.
В принципе, для этого не требуется никаких очень сложных вещей, этот метод очень напоминает обычное клонирование, но без необходимости использования рестриктаз, то есть можно собирать произвольные фрагменты, не обязательно ограниченные одинаковыми сайтами рестрикции. Так что, как мне кажется, реализовать это должно быть не особо сложно, модифицировав код для обычного клонирования. Также можно подключить primer3, но это менее важно.
Суть та же, ПЦРом получаются фрагменты, которые потом можно слеплять, причем даже сразу много фрагментов одновременно. Главное, чтобы эти ПЦР-продукты имели комплементарные друг другу концы.
 
IP Logged
 
Reply #4 - Jul 31st, 2015 at 3:35pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Хотел спросить, не ожидается ли прогресса на этом поприще. Много тулз онлайн умеет это делать, но неудобно переносить данные туда-сюда. Раз уж юджин для всего сразу для молекулярной биологии, то эта возможность очень важна, мне кажется.
 
IP Logged
 
Reply #5 - Aug 3rd, 2015 at 3:19pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 196
*****
 
Илья, мы помним об этом запросе, но не планировали его делать в ближайшее время. Если хотите, можем встретиться с Вами и обсудить этот вопрос более детально.
 
IP Logged
 
Reply #6 - Aug 5th, 2015 at 4:56pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Ясно. Я не уверен, что нам будет так легко встретиться, но я готов это обсудить более подробно иными способами.
 
IP Logged
 
Reply #7 - Dec 27th, 2016 at 12:36am

Claire Ellison   Offline
YaBB Newbies

Posts: 5
*
 
Gibson Assembly® was developed by Dr. Daniel Gibson and his colleagues at the J. Craig Venter Institute and licensed to NEB by Synthetic Genomics, Inc.
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1