Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Pages: 1 2 
Выравнивание большого числа сэнгеровских ридов на референс (Read 16260 times)
Reply #15 - Jan 23rd, 2015 at 5:25pm

German   Offline
Full Member

Posts: 118
***
 
Кстати, можете, пожалуйста, еще раз отправить нам файлы с примерами? Старая ссылка уже не работает.
 
IP Logged
 
Reply #16 - Jan 25th, 2015 at 12:21am

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Герман, спасибо за сообщение о таком продвижении! Очень все правильно описано, поддерживаю.
Вот ссылка на чтения: https://yadi.sk/d/SJQkjEAqeDA5h
Там как раз в обе стороны должны быть риды.
 
IP Logged
 
Reply #17 - Feb 10th, 2015 at 6:55pm

German   Offline
Full Member

Posts: 118
***
 
Илья, мы реализовали эту задачу. Так как вы один из людей, которые запрашивали эту задачу, то предлагаем вам поучаствовать в бета-тестировании.

Для этого нужно скачать снэпшот UGENE с нашего сайта (ревизия 9124 или больше): http://ugene.unipro.ru/snapshot.html

Решение является схемой в Workflow Designer. Чтобы воспользоваться им, нужно открыть Workflow Designer, и активировать пример "Trim and align Sanger reads" из раздела "Sanger sequencing". Дальше открыть визард/помощник и задать свои данные.

Мы протестировали эту схемы на данных, которыми вы поделились с нами. Кажется, что получается довольно красиво, но все же хотелось бы услышать ваше мнение.

Еще есть вопрос по самой схеме. Как вы думаете, какое значение порога фильтрации нужно сделать по умолчанию? Сейчас это значение равно 30, что является строгим порогом для NGS. Но кажется, что для Sanger оно может отличаться.
 

wizard1.jpg (249 KB | 283 )
wizard1.jpg
wizard2.jpg (134 KB | 290 )
wizard2.jpg
wizard3.jpg (87 KB | 328 )
wizard3.jpg
IP Logged
 
Reply #18 - Feb 10th, 2015 at 6:57pm

German   Offline
Full Member

Posts: 118
***
 
Еще пара скриншотов.
 

wizard4.jpg (75 KB | 277 )
wizard4.jpg
dashboard.jpg (44 KB | 286 )
dashboard.jpg
IP Logged
 
Reply #19 - Feb 11th, 2015 at 2:33am

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Герман, красота! Я пробовал на тех же (или почти тех же... может быть, сиквенсы с другого клона той же плазмиды) данных, работает очень быстро и получается хорошо. Про порог сложно сказать, но, глядя на выравнивание, у некоторых ридов хвосты не выравниваются нормально. Причем мне кажется, что особенно 3'-концы - может, для разных сторон разный порог сделать? Из опыта, на 5'-конце обычно довольно резкая граница перехода шум-сигнал, а на 3'-конце всегда какая-то бяка с плавным перетеканием из данных в шум. Так что в автоматическом режиме, думаю, придется на 3'-конце жестче отрезать, если это возможно. Если нет, то подправить выравнивание и после этого можно уже вручную, не проблема в общем, если важно убрать всю ерунду.
Мне нравится, что риды автоматически добавляются в аннотации последовательности!
 
IP Logged
 
Reply #20 - Feb 24th, 2015 at 4:05pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Илья, занесла в трекер на будущее предложенное улучшение - задавать различные значения на различных концах: UGENE-4069.
 
IP Logged
 
Reply #21 - Mar 2nd, 2015 at 2:20pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Спасибо, Ольга! Вот что еще было бы хорошо, но, наверное, это непросто, так это отмечать в файле с последовательностью где в ридах замены/индели каким-то образом. Я это представляю себе как поперечные полоски на аннотациях разного цвета... А то в выравнивании непросто понять, где что в последовательности. Альтернатива это, конечно, реализация аннотаций в выравниваниях, что, кажется, было в планах?..
 
IP Logged
 
Reply #22 - Mar 3rd, 2015 at 8:16pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Илья, мы собираемся в следующей мажорной версии оптимизировать процедуру выравнивания Сэнгеровских ридов (UGENE-3324) - каким именно образом, еще не решили. Возможно будем визуализировать выравнивание хроматограмм, как в SnapGene. То есть вообще не будет происходить работы в Alignment Editor. Ну и соотвественно, в такой визуализации можно будет перемещаться по вариациям.

Работу с аннотациями в Alignment Editor тоже надо будет так или иначе поддерживать. Возможно, это тоже пойдет на следующий мажорный релиз, но это пока не точно.
 
IP Logged
 
Reply #23 - Mar 7th, 2015 at 4:34pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Да, выравнивание хроматограмм это самый лучший подход при условии удобной реализации.
 
IP Logged
 
Pages: 1 2