Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Хроматограмма сдвинута относительно последовательности (Read 10266 times)
Aug 11th, 2014 at 1:20am

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Практически всегда в ab1 файлах пики хроматограммы и соответствующие буквы немного сдвинуты, иногда это очень неудобно. При разном увеличении сдвиг разный в масштабах пиков, иногда они могут быть вообще сдвинуты на целый пик. Пример:
...
Видно, что выделенная буква C находится точно под следующим пиком, T.
« Last Edit: Aug 11th, 2014 at 12:38pm by Ilya Flyamer »  
IP Logged
 
Reply #1 - Aug 11th, 2014 at 11:19am

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Создала баг. Если не сложно, прикрепите, пожалусйста, файл, который изображен на картинке, чтобы разработчику, который будет чинить баг, было легче отлаживаться.
 
IP Logged
 
Reply #2 - Aug 11th, 2014 at 12:37pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
 
IP Logged
 
Reply #3 - Aug 11th, 2014 at 12:40pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Спасибо, прикрепила файлик к багу.
 
IP Logged
 
Reply #4 - Dec 17th, 2014 at 8:07pm

Artyom Savchenko   Offline
YaBB Newbies

Posts: 1
*
 
Илья, расстояние между пиками хроматограмм зависит от данных, но в последовательности нуклеотиды отображаются с одинаковым шагом, из-за этого и возникает смещение. Этого мы исправить не можем, но на картинке также видно, что исчезло выделение пика на хромотограмме(прикрепил изображение с соответствующим выделением), в ближайшем релизе мы это сможем исправить. Если у Вас есть другие предложения относительно хроматограмм, которые не требуют изменения  отображения последовательности, то мы также можем их учесть.
 

Chrom.png (83 KB | 286 )
Chrom.png
IP Logged
 
Reply #5 - Dec 17th, 2014 at 9:58pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Артем,

Очень жаль, что нельзя это исправить... Эта проблема очень странные ощущения при просмотре хроматограмм вызывает, и если не выделить соответствующие буквы в последовательности и не проверить, то иногда можно и ошибиться. Почему нельзя изменить способ отображения последовательности?

А про отсутствие выделения пика я не понял - там же есть выделение в области хроматограммы (просто сигнал там уже ужасный, и никакого сиквенса на самом деле нет, и пиков нет).
 
IP Logged
 
Reply #6 - Dec 17th, 2014 at 10:25pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Quote:
Очень жаль, что нельзя это исправить... Эта проблема очень странные ощущения при просмотре хроматограмм вызывает, и если не выделить соответствующие буквы в последовательности и не проверить, то иногда можно и ошибиться. Почему нельзя изменить способ отображения последовательности?

Илья, речь идет о том, что на самом деле последовательность отображается в двух местах:
1) Вверху хроматограммы
2) Внизу в Sequence View

На хроматограмме растояние между пиками может быть различным, поэтому расстояние между буквами последовательностей на хроматограмме может быть распределено неравномерно (см. картинку, которую Артем прикрепил).

В Sequence View буквы всегда ровно идут (расстояние между ними одинаковое).

Объясните, пожалуйста, почему не подходит способ просмотра букв в последовательности вверху хроматограммы?

Quote:
А про отсутствие выделения пика я не понял - там же есть выделение в области хроматограммы (просто сигнал там уже ужасный, и никакого сиквенса на самом деле нет, и пиков нет).

Выделение букв синхронизовано в обеих указанных выше последовательностях, т.е. если Вы выделяете регион в Sequence View, то и на хроматограмме, и на последовательности над хроматограммой регион будет выделен. И наоборот.
Однако мы заметили баг в UGENE, по-крайней мере в Windows, - когда фокус переходит с окна UGENE на какое-нибудь другое окно и обратно, то "синхронизованное" выделение на хроматограмме пропадает. Именно этот баг и будет починен. Также, я думаю, стоит упростить выделение букв на хроматограмме так, чтобы щелчок мыши на букве или же на пике активизировал выделение соответствующей буквы.
 
IP Logged
 
Reply #7 - Dec 18th, 2014 at 4:15am

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
А, я понял про последовательность. Ну, да, из-за сдвига приходится и наверху смотреть, и иметь там подписи удобно, это верно. Но, например, поиск работает именно по Sequence View, и копировать надо оттуда, и так далее.
Баг на убунте не замечал, но мог и просто проглядеть.
Про выделение по нажатию поддерживаю, и хорошо бы, чтобы можно было не просто нажать, но и с шифтом (или растягивая выделение мышкой) выделить область.
 
IP Logged
 
Reply #8 - Dec 18th, 2014 at 3:19pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Quote:
Но, например, поиск работает именно по Sequence View, и копировать надо оттуда, и так далее.

Что Вы имеете в виду? Поиск работает на последовательности нуклеотидов, а отображение происходит как на хроматограмме, так и в Sequence View. Синхронизовано оно Smiley
Да и копировать последовательность можно и с хроматограммы.

Quote:
Про выделение по нажатию поддерживаю, и хорошо бы, чтобы можно было не просто нажать, но и с шифтом (или растягивая выделение мышкой) выделить область.

Да, возможно можно про Shift добавить. А растягивать регион мышкой можно и сейчас (прям на хроматограмме). У Вас работает ведь это? Уточните, пожалуйста, что именно не получается сделать?
 
IP Logged
 
Reply #9 - Dec 18th, 2014 at 7:39pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
1) Про пропадание выделения подтверждаю в убунте.
2) Давненько я не открывал никаких сиквенсов в юджине, как-то и забыл, видимо, уже все)) Да, похоже, Вы правы, больших неудобств это не должно вызывать, если просто смотреть в первую очередь на верхнюю последовательность над пиками. Единственное, что это когда при поиске создается аннотация, то она синхронизирована с нижней последовательностью, и поэтому сдвинута относительно пиков, что визуально производит неправильное впечатление. Теперь при поиске без создания аннотаций это не так важно. Однако если я экспортирую участок хроматограммы с аннотациями для, например, презентации, то этот сдвиг портит картинку.
 
IP Logged
 
Reply #10 - Dec 19th, 2014 at 9:03pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
На хроматограммах, говорите, аннотации еще надо Smiley Ну хорошо, подумаем (UGENE-3884) Smiley
 
IP Logged
 
Reply #11 - Dec 19th, 2014 at 9:24pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Дааа я думал, предложить это или нет, решил, что если это осмысленно, то Вы сами догадаетесь, а если нет, то и не надо Smiley Спасибо Smiley
 
IP Logged
 
Reply #12 - Dec 19th, 2014 at 10:16pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Вам спасибо за активное участие в проекте Smiley
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1