Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Экспорт аннотированной последовательности как SVG (Read 3261 times)
May 31st, 2015 at 8:34pm

Yury   Offline
YaBB Newbies

Posts: 4
*
 
Добрый день!

В настоящий момент Ugene не умеет экспортировать аннотированную последовательность кроме как в PNG формате.
Это не очень здорово. Пример: открываем любой GBK, он чудесно показывается со всеми аннотациями. Добавляем свои features, genes, etc.
Сохраняем файл (в gbk всё попадает, Ok). Хотим сделать картинку для публикации - export идёт только в PNG, да ещё и разрешение зависит от экранного.
Приходится искать компьютеры с 4K разрешением, или возиться с виртуальными экранами. Да и потом поредактировать проблематично. Хорошо бы это добавить.
Или хотя бы запрашивать горизонтальный размер экспортируемого PNG (количество переделок минимально).
« Last Edit: Jun 1st, 2015 at 5:25pm by Olga Golosova »  
IP Logged
 
Reply #1 - Jun 1st, 2015 at 7:58pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 276
*****
 
Quote:
В настоящий момент Ugene не умеет экспортировать аннотированную последовательность кроме как в PNG формате.

Что Вы имеете в виду? В диалоге в текущей версии можно задать формат. При этом, правда, все равно экспортируется одна и та же статическая картинка.

Quote:
Сохраняем файл (в gbk всё попадает, Ok). Хотим сделать картинку для публикации - export идёт только в PNG, да ещё и разрешение зависит от экранного.

Что Вы хотели бы экспортировать? Аннотации в Zoom View или саму последовательность с трансляциями (Details View)?

Вообще, решили запланировать задачу по улучшению экспорта последовательности на один из ближайших релизов. Предварительное описание находится тут: UGENE-3434. Дополнительные пожелания и комментарии приветствуются Smiley
 
IP Logged
 
Reply #2 - Aug 27th, 2015 at 11:36pm

Yury   Offline
YaBB Newbies

Posts: 4
*
 
Во-первых, из аннотации нет печати картинки. Если бы я мог напечатать в принтер типа PDF или PS - это бы 100% решило мою проблему. Во-вторых, когда нажимаешь кнопочку с фотоаппаратом (сделать screenshot) там предлагается куча форматов. Выбираешь SVG или PS - ТАДАМММ, получаешь в векторном формате битмап экранного разрешения. Самое простое, что можно сделать - если попросили экспортировать в PNG и/или TIFF или ещё куда - спросите про размер картинки по горизонтали и/или вертикали в пикселах. Пользователь потом сам разберётся.
Приаттаченая картинка - лучшее, что можно вытащить из аннотации. Если печатать - качество вообще-то позорное выходит Sad

Сделайте печать - это решит все проблемы.
« Last Edit: Aug 28th, 2015 at 12:22pm by Olga Golosova »  

HIV1.png (15 KB | 213 )
HIV1.png
IP Logged
 
Reply #3 - Aug 28th, 2015 at 10:17pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 276
*****
 
Юрий, примерно через неделю-две планируется выпуск релиза UGENE 1.18.

В этом релизе улучшены возможности экспорта изображения последовательности и аннотаций. В частности, поправлен экспорт в SVG. В этот формат теперь можно по отдельности экспортировать Zoom View (это то, что у Вас на картинке) и Details View (это последовательность с трансляциями и т.п.). Попробуйте, пожалуйста, использовать эту версию и сообщите нам, что думаете о внесенных изменениях.

 

export_image.png (49 KB | 211 )
export_image.png
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1