Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Необходимо радикальное улучшение интерфейса multiple alignment (Read 2157 times)
May 31st, 2015 at 8:41pm

Yury   Offline
YaBB Newbies

Posts: 4
*
 
Всё работает в-общем, неплохо, но! Roll Eyes

1. Почему я не могу задать начальный адрес референсной последовательности, от которой всё считается? Почему нумерация всегда с единицы?
2. Почему tick marks на оси номеров нуклеотидов расставляются загадочным неуправляемым образом? То группируются, то через одну идут, то ещё как.
Хорошо бы сделать управление (ну, допустим, каждую третью, начиная со второй по порядку метки).
Понятно, зачем это нужно - чтобы следить за аминокислотными последовательностями, соответствующими (хотя бы) reference sequence.
3. Было бы совсем феерично иметь возможность объединить на одной картинке множественное выравнивание и транслированные последовательности
для каждой последовательности из выравниваемых (естественно, со списком и птичками эту включать, а ту нет).
4. Экспорт в SVG работает только для текущей видимой области, что не очень разумно. Приходится экспортировать до 10 последовательностей
и потом склеивать вручную в Corel Draw (не могу сказать, что это получается очень уж удобноWink
« Last Edit: Jun 1st, 2015 at 5:26pm by Olga Golosova »  
IP Logged
 
Reply #1 - Jun 1st, 2015 at 6:07pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 267
*****
 
Здравствуйте, Юрий!

Спасибо за отзывы!

В будущем мы собираемся постепенно сближать Sequence View и Alignment Editor, так что в результате останется только одна вьюшка, и будет возможно работать с последовательностями так, как Вы описали в п.3. Однако, это довольно трудоемкий процесс, поэтому потребует времени.

Вы вообще какого рода данные анализируете? Вы выравниваете Сэнгеровские риды на референс?

Quote:
1. Почему я не могу задать начальный адрес референсной последовательности, от которой всё считается? Почему нумерация всегда с единицы?

Мы планировали добавить такое улучшение в будущем. Для порядка завела задачку в нашем трекере: UGENE-4421.

Quote:
2. Почему tick marks на оси номеров нуклеотидов расставляются загадочным неуправляемым образом? То группируются, то через одну идут, то ещё как.
Хорошо бы сделать управление (ну, допустим, каждую третью, начиная со второй по порядку метки).
Понятно, зачем это нужно - чтобы следить за аминокислотными последовательностями, соответствующими (хотя бы) reference sequence.

По этому поводу я также завела задачу в трекере: UGENE-4420. Однако, насколько я понимаю, она будет не так уж актуальна, если будет реализован п.3.

Quote:
4. Экспорт в SVG работает только для текущей видимой области, что не очень разумно. Приходится экспортировать до 10 последовательностей и потом склеивать вручную в Corel Draw (не могу сказать, что это получается очень уж удобно)

Это улучшение мы уже реализовали (см. UGENE-4299), будет в следующей версии UGENE.
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1