Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Схема по генерации праймеров (Read 1597 times)
Oct 14th, 2015 at 1:31pm

Vladimir8   Offline
YaBB Newbies

Posts: 1
*
 
Привет!
Делаю схему: Генерация случайной ДНК -> Поиск корректной пары праймеров. Длинна генерируемой ДНК 10000 п.о. В результате работы выдаётся предупреждение, что корректных пар праймеров не найдено. Такого не может быть.

Второй вопрос, каким образом можно изменить параметры элемента "Поиск корректной пары праймеров", имеется ввиду температура отжига праймеров, GC состав и т.д.?
« Last Edit: Oct 15th, 2015 at 6:08pm by Olga Golosova »  
IP Logged
 
Reply #1 - Oct 15th, 2015 at 7:10pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 265
*****
 
Здравствуйте, Владимир!

Quote:
Делаю схему: Генерация случайной ДНК -> Поиск корректной пары праймеров. Длинна генерируемой ДНК 10000 п.о. В результате работы выдаётся предупреждение, что корректных пар праймеров не найдено. Такого не может быть.

Проблема тут в том, что данный элемент принимает на вход не одну последовательность, а уже существующие пары праймеров (то есть мультифасту c праймерами в формате left_primer_1, right_primer_1, left_primer_2, right_primer_2 и т.д.). На выходе остаются только пары праймеров, прошедшие проверку (пара не образует димеров и т.п.).

Чтобы найти праймеры с задаными параметрами Вы можете открыть сгенерированную последовательность в редакторе последовательностей и воспользоваться Primer3.

Quote:
Второй вопрос, каким образом можно изменить параметры элемента "Поиск корректной пары праймеров", имеется ввиду температура отжига праймеров, GC состав и т.д.?

Это возможно в случае, когда Вы используете описанный выше Primer3. В случае элемента "Поиск корректной пары праймеров" это пока невозможно.

Я создала несколько задачек у нас в трекере:
- Улучшить описание элемента, чтобы было понятнее как его использовать.
- Добавить новый элемент Primer3 в дизайнер вычислительных схем.
- Добавить больше параметров элементу поиска корректных пар.

Однако, хочу заметить, что пока эти задачи имеют для нас средний приоритет, то есть скорее всего в ближайшие новые версии программы не попадут. Если Вам требуется добавить какие-нибудь из этих улучшений быстро, Вы можете воспользоваться сервисом коммерческой поддержки в UGENE.
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1