Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Поиск повторов (Read 64 times)
Mar 9th, 2019 at 6:34pm

Ivan V. Savelyev   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
Нужно уметь искать повторы в рамках последовательностей. Для этого использую функцию repeat finder
Пока не понял как выделять сами повторы. То есть сиквенсы повторов. Как определять среди них уникальные ?
Программа показывает повторы попарно. Хочется понять сколько из них уникальных итд.
Вероятно можно собрать все рипиты в один файл ( аннотации и сиквенсы) и потом уже их сортировать

Подскажите как ? Спасибо

Хочется сделать workflow.
 
IP Logged
 
Reply #1 - Mar 11th, 2019 at 1:56pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 265
*****
 
Здравствуйте, Иван!

Чтобы получить последовательности повторов можно, например, собрать такую схему:
"Read Sequence" > "Find Repeats" > "Get Sequences by Annotations" > "Write Sequence".

При этом в элементе "Read Sequence" надо задать последовательност(-ь/-и), в котор(-ой/-ых) Вы ищете повторы.

Не совсем понятно, какой в точности результат Вы ожидаете в плане сортировки этих последовательностей. Как вариант, вместо "Write Sequence" можно дополнить схему такими элементами:
"Join Sequences into Alignment" > "Write Alignment".

Можно также при необходимости выровнять последовательности.

Затем открыть полученный результат в редакторе множественных выравниваний и воспользоваться кнопкой "Switch on/off collapsing". Одинаковые последовательности схлопнутся.
 
IP Logged
 
Reply #2 - Mar 11th, 2019 at 9:04pm

Ivan V. Savelyev   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
Здравствуйте.

Огромное спасибо за ответ. Во многом помог.
Но есть вопросы.

Я сделал воркфлоу. Проверил его на файлах. Мне кажется что отгружаемых последовательностей повторов меньше чем его находит функция файнд рипит просто в программе.
Еще не очень понял разницу между disjoint repeat, unique repeat, no filter. Вижу что больше результатов по нофильтр. Но как получить все все все рипиты через воркфлоу пока не понял. Речь идет про Joint sequences into alignment, как сделать чтобы туда собрались все найденные рипиты ?

Спасибо
 
IP Logged
 
Reply #3 - Mar 12th, 2019 at 5:25pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 265
*****
 
Quote:
Мне кажется что отгружаемых последовательностей повторов меньше чем его находит функция файнд рипит просто в программе.

Попробуйте проставить в элементе "Find Repeats" параметру "Apply 'Max distance' attribute" значение "False". В той схеме, которую Вы прислали по почте, Вы проставили параметру "Max distance" значение "0" (= "Any"), но такой путь, к сожалению, не работает. Я завела задачу, чтобы значение "Any" для этого параметра задать было нельзя.

Quote:
Еще не очень понял разницу между disjoint repeat, unique repeat, no filter.

"no filter" - искать все, "unique" - непересекающиеся (разные пары), "disjoint" - повторы в паре также должны быть разделены. См., например, результат для последовательности "AAAAACCCCCAAAAA" с длинной искомых повторов "4".

 

repeat_types.png (99 KB | 1 )
repeat_types.png
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1