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Unipro UGENE v. 36 is not working on macOS Big Sur (Read 295 times)
Nov 14th, 2020 at 5:47pm

viet   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
I did the fresh install MacOS Big Sur on my MacBook15 inch(2017) today. I then downloaded and installed Unipro UGENE v. 36. The installation finished just fine, but When I called the the Unipro UGENE, it did not load any things (did not response).

Anyone has the same problem as me?

"Date/Time:        2020-11-14 17:22:37.317 +0700
End time:         2020-11-14 17:47:58.812 +0700
OS Version:       macOS 11.0.1 (Build 20B29)
Architecture:     x86_64h
Report Version:   32

Data Source:      Stackshots
Shared Cache:     9F6FFF1F-4096-355B-B037-8DCE73A7AA42 slid base address 0x7fff20008000, slide 0x8000

Command:          ugeneui
Path:             /Applications/Unipro UGENE.app/Contents/MacOS/ugeneui
Version:          ??? (???)
Parent:           launchd [1]
PID:              1028
Time Since Fork:  1533s

Event:            hang
Duration:         1521.50s
Duration Sampled: 1.10s (process was unresponsive for 1520 seconds before sampling)
Steps:            11 (100ms sampling interval)

Hardware model:   MacBookPro14,3
Active cpus:      8

Time Awake Since Boot: 2745s
Time Since Wake:  1540s

Fan speed:        5596 rpm

--------------------------------------------------
Timeline format: stacks are sorted chronologically
Use -i and -heavy to re-report with count sorting
--------------------------------------------------


Heaviest stack for the main thread of the target process:
  11  start + 1 (libdyld.dylib + 87601) [0x7fff20330631]
  11  main + 18328 (ugeneui + 50984) [0x105cfa728]
  11  QCoreApplication::exec() + 130 (QtCore + 2009394) [0x108a88932]
  11  QEventLoop::exec(QFlags<QEventLoop:TonguerocessEventsFlag>) + 431 (QtCore + 1988927) [0x108a8393f]
  11  ??? (libqcocoa.dylib + 220494) [0x10ed96d4e]
  11  -[NSApplication(NSEvent) _nextEventMatchingEventMask:untilDate:inMode:dequeue:] + 1366 (AppKit + 251723) [0x7fff22c2374b]
  11  _DPSNextEvent + 883 (AppKit + 257925) [0x7fff22c24f85]
  11  _BlockUntilNextEventMatchingListInModeWithFilter + 64 (HIToolbox + 199407) [0x7fff28677aef]
  11  ReceiveNextEventCommon + 709 (HIToolbox + 200140) [0x7fff28677dcc]
  11  RunCurrentEventLoopInMode + 292 (HIToolbox + 200656) [0x7fff28677fd0]
  11  CFRunLoopRunSpecific + 563 (CoreFoundation + 521918) [0x7fff2040b6be]
  11  __CFRunLoopRun + 838 (CoreFoundation + 524509) [0x7fff2040c0dd]
  11  __CFRunLoopDoObservers + 549 (CoreFoundation + 527405) [0x7fff2040cc2d]
  11  __CFRUNLOOP_IS_CALLING_OUT_TO_AN_OBSERVER_CALLBACK_FUNCTION__ + 23 (CoreFoundation + 527773) [0x7fff2040cd9d]
  11  ___NSRunLoopObserverCreateWithHandler_block_invoke + 41 (AppKit + 9493774) [0x7fff234f3d0e]
  11  __62+[CATransaction(NSCATransaction) NS_setFlushesWithDisplayLink]_block_invoke + 285 (AppKit + 1849803) [0x7fff22da99cb]
  11  CA::Transaction::commit() + 783 (QuartzCore + 12177) [0x7fff26b92f91]
  11  CA::Context::commit_transaction(CA::Transaction*, double, double*) + 517 (QuartzCore + 1438579) [0x7fff26cef373]
  11  CA::Layer::display_if_needed(CA::Transaction*) + 874 (QuartzCore + 153016) [0x7fff26bb55b8]
  10  -[_NSViewBackingLayer display] + 555 (AppKit + 1152888) [0x7fff22cff778]
  10  -[_NSBackingLayer display] + 475 (AppKit + 1763233) [0x7fff22d947a1]
  10  -[CALayer display] + 183 (QuartzCore + 154890) [0x7fff26bb5d0a]
  10  ??? (libqcocoa.dylib + 160590) [0x10ed8834e]
  10  ??? (libqcocoa.dylib + 126332) [0x10ed7fd7c]
  10  void QWindowSystemInterface::handleExposeEvent<QWindowSystemInterface::SynchronousDel
ivery>(QWindow*, QRegion const&) + 178 (QtGui + 118978) [0x107fc00c2]
  10  bool QWindowSystemInterfacePrivate::handleWindowSystemEvent<QWindowSystemInterface::S
ynchronousDelivery>(QWindowSystemInterfacePrivate::WindowSystemEvent*) + 115 (QtGui + 90339) [0x107fb90e3]
  10  QGuiApplicationPrivate::processExposeEvent(QWindowSystemInterfacePrivate::Expose
Event*) + 309 (QtGui + 229653) [0x107fdb115]
  10  QCoreApplication::notifyInternal2(QObject*, QEvent*) + 212 (QtCore + 2007844) [0x108a88324]
  10  QApplication::notify(QObject*, QEvent*) + 594 (QtWidgets + 72322) [0x107a0ea82]
  10  QApplicationPrivate::notify_helper(QObject*, QEvent*) + 269 (QtWidgets + 67197) [0x107a0d67d]
  10  ??? (QtWidgets + 436548) [0x107a67944]
  10  ??? (QtWidgets + 447940) [0x107a6a5c4]
  10  ??? (QtWidgets + 117410) [0x107a19aa2]
  10  ??? (QtWidgets + 100334) [0x107a157ee]
  10  QBackingStore::flush(QRegion const&, QWindow*, QPoint const&) + 1207 (QtGui + 1838887) [0x108163f27]
  4   ??? (libqcocoa.dylib + 83880) [0x10ed757a8]
  4   QMacAutoReleasePool::~QMacAutoReleasePool() + 40 (QtCore + 2933224) [0x108b6a1e8]
  4   -[NSAutoreleasePool drain] + 129 (Foundation + 212481) [0x7fff21169e01]
  4   _CFAutoreleasePoolPop + 22 (CoreFoundation + 270816) [0x7fff203ce1e0]
  4   objc_autoreleasePoolPop + 161 (libobjc.A.dylib + 33598) [0x7fff201b433e]
  4   AutoreleasePoolPage::releaseUntil(objc_object**) + 167 (libobjc.A.dylib + 152477) [0x7fff201d139d]
  3   -[NSImageArrayRepProvider dealloc] + 22 (AppKit + 10344965) [0x7fff235c3a05]
  2   -[__NSSingleObjectArrayI dealloc] + 57 (CoreFoundation + 288952) [0x7fff203d28b8]
  2   -[NSCGImageSnapshotRep dealloc] + 28 (AppKit + 1837167) [0x7fff22da686f]
  1   _CFRelease + 1147 (CoreFoundation + 1359993) [0x7fff204d8079]
  1   malloc_zone_free + 6 (libsystem_malloc.dylib + 33231) [0x7fff201421cf]


Process:          ugeneui (Unipro UGENE) [1028]
UUID:             A46D073A-55DF-3239-8F28-30AD73B714F5
Path:             /Applications/Unipro UGENE.app/Contents/MacOS/ugeneui
Architecture:     x86_64
Parent:           launchd [1]
UID:              501
Footprint:        3625.17 MB
Time Since Fork:  1533s
Num samples:      11 (1-11)
CPU Time:         0.994s (3.5G cycles, 3.4G instructions, 1.01c/i)
Note:             Unresponsive for 1520 seconds before sampling
Note:             1 idle work queue thread omitted

  Thread 0x4aef    DispatchQueue "com.apple.main-thread"(1)    11 samples (1-11)    priority 46 (base 46)    cpu time 0.993s (3.5G cycles, 3.4G instructions, 1.01c/i)
  <thread QoS user interactive (requested user interactive), process unclamped, process received importance donation from WindowServer [136], IO tier 0>
  11  start + 1 (libdyld.dylib + 87601) [0x7fff20330631] 1-11
    11  main + 18328 (ugeneui + 50984) [0x105cfa728] 1-11
      11  QCoreApplication::exec() + 130 (QtCore + 2009394) [0x108a88932] 1-11
        11  QEventLoop::exec(QFlags<QEventLoop:TonguerocessEventsFlag>) + 431 (QtCore + 1988927) [0x108a8393f] 1-11
          11  ??? (libqcocoa.dylib + 220494) [0x10ed96d4e] 1-11
            11  -[NSApplication(NSEvent) _nextEventMatchingEventMask:untilDate:inMode:dequeue:] + 1366 (AppKit + 251723) [0x7fff22c2374b] 1-11
              11  _DPSNextEvent + 883 (AppKit + 257925) [0x7fff22c24f85] 1-11
                11  _BlockUntilNextEventMatchingListInModeWithFilter + 64 (HIToolbox + 199407) [0x7fff28677aef] 1-11
                  11  ReceiveNextEventCommon + 709 (HIToolbox + 200140) [0x7fff28677dcc] 1-11
                    11  RunCurrentEventLoopInMode + 292 (HIToolbox + 200656) [0x7fff28677fd0] 1-11
                      11  CFRunLoopRunSpecific + 563 (CoreFoundation + 521918) [0x7fff2040b6be] 1-11
                        11  __CFRunLoopRun + 838 (CoreFoundation + 524509) [0x7fff2040c0dd] 1-11
                          11  __CFRunLoopDoObservers + 549 (CoreFoundation + 527405) [0x7fff2040cc2d] 1-11
                            11  __CFRUNLOOP_IS_CALLING_OUT_TO_AN_OBSERVER_CALLBACK_FUNCTION__ + 23 (CoreFoundation + 527773) [0x7fff2040cd9d] 1-11
                              11  ___NSRunLoopObserverCreateWithHandler_block_invoke + 41 (AppKit + 9493774) [0x7fff234f3d0e] 1-11
                                11  __62+[CATransaction(NSCATransaction) NS_setFlushesWithDisplayLink]_block_invoke + 285 (AppKit + 1849803) [0x7fff22da99cb] 1-11
                                  11  CA::Transaction::commit() + 783 (QuartzCore + 12177) [0x7fff26b92f91] 1-11
                                    11  CA::Context::commit_transaction(CA::Transaction*, double, double*) + 517 (QuartzCore + 1438579) [0x7fff26cef373] 1-11
                                      11  CA::Layer::display_if_needed(CA::Transaction*) + 874 (QuartzCore + 153016) [0x7fff26bb55b8] 1-11
                                        7   -[_NSViewBackingLayer display] + 555 (AppKit + 1152888) [0x7fff22cff778] 1-7
                                          7   -[_NSBackingLayer display] + 475 (AppKit + 1763233) [0x7fff22d947a1] 1-7
                                            7   -[CALayer display] + 183 (QuartzCore + 154890) [0x7fff26bb5d0a] 1-7
                                              7   ??? (libqcocoa.dylib + 160590) [0x10ed8834e] 1-7
                                                7   ??? (libqcocoa.dylib + 126332) [0x10ed7fd7c] 1-7
                                                  7   void QWindowSystemInterface::handleExposeEvent<QWindowSystemInterface::SynchronousDel
ivery>(QWindow*, QRegion const&) + 178 (QtGui + 118978) [0x107fc00c2] 1-7
                                                    7   bool QWindowSystemInterfacePrivate::handleWindowSystemEvent<QWindowSystemInterface::S
ynchronousDelivery>(QWindowSystemInterfacePrivate::WindowSystemEvent*) + 115 (QtGui + 90339) [0x107fb90e3] 1-7
                                                      7   QGuiApplicationPrivate::processExposeEvent(QWindowSystemInterfacePrivate::Expose
Event*) + 309 (QtGui + 229653) [0x107fdb115] 1-7
                                                        7   QCoreApplication::notifyInternal2(QObject*, QEvent*) + 212 (QtCore + 2007844) [0x108a88324] 1-7
                                                          7   QApplication::notify(QObject*, QEvent*) + 594 (QtWidgets + 72322) [0x107a0ea82] 1-7
                                                            7   QApplicationPrivate::notify_helper(QObject*, QEvent*) + 269 (QtWidgets + 67197) [0x107a0d67d] 1-7
                                                              7   ??? (QtWidgets + 436548) [0x107a67944] 1-7
                                                                7   ??? (QtWidgets + 447940) [0x107a6a5c4] 1-7
                                                                  7   ??? (QtWidgets + 117410) [0x107a19aa2] 1-7
                                                                    7   ??? (QtWidgets + 100334) [0x107a157ee] 1-7
                                                                      7   QBackingStore::flush(QRegion const&, QWindow*, QPoint const&) + 1207 (QtGui + 1838887) [0x108163f27] 1-7
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 83880) [0x10ed757a8] 1
                                                                          1   QMacAutoReleasePool::~QMacAutoReleasePool() + 40 (QtCore + 2933224) [0x108b6a1e8] 1
                                                                            1   -[NSAutoreleasePool drain] + 129 (Foundation + 212481) [0x7fff21169e01] 1
                                                                              1   _CFAutoreleasePoolPop + 22 (CoreFoundation + 270816) [0x7fff203ce1e0] 1
                                                                                1   objc_autoreleasePoolPop + 161 (libobjc.A.dylib + 33598) [0x7fff201b433e] 1
                                                                                  1   AutoreleasePoolPage::releaseUntil(objc_object**) + 167 (libobjc.A.dylib + 152477) [0x7fff201d139d] 1
                                                                                    1   -[NSInvocation dealloc] + 124 (CoreFoundation + 411151) [0x7fff203f060f] 1
                                                                                      1   -[__NSArrayM dealloc] + 279 (CoreFoundation + 140948) [0x7fff203ae694] 1
                                                                                        1   __RELEASE_OBJECTS_IN_THE_ARRAY__ + 118 (CoreFoundation + 141137) [0x7fff203ae751] 1
                                                                                          1   _CFRelease + 244 (CoreFoundation + 1359090) [0x7fff204d7cf2] 1
                                                                                            1   __CFDataDeallocate + 91 (CoreFoundation + 141627) [0x7fff203ae93b] 1
                                                                                              1   free_tiny + 442 (libsystem_malloc.dylib + 25081) [0x7fff201401f9] 1
                                                                                                1   tiny_free_no_lock + 1116 (libsystem_malloc.dylib + 26538) [0x7fff201407aa] 1
                                                                                                  1   tiny_free_list_add_ptr + 404 (libsystem_malloc.dylib + 28238) [0x7fff20140e4e] 1
                                                                                                   *1   ??? (kernel + 671792) [0xffffff80002b4030] (runnable) 1
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 83789) [0x10ed7574d] 2
                                                                          1   ??? (libqcocoa.dylib + 84857) [0x10ed75b79] 2
                                                                            1   -[NSObject(NSObject) methodSignatureForSelector:] + 30 (CoreFoundation + 603636) [0x7fff2041f5f4] 2
                                                                              1   __methodDescriptionForSelector + 128 (CoreFoundation + 496918) [0x7fff20405516] 2
                                                                                1   protocol_getMethodDescription + 52 (libobjc.A.dylib + 51146) [0x7fff201b87ca] (running) 2
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 83880) [0x10ed757a8] 3
                                                                          1   QMacAutoReleasePool::~QMacAutoReleasePool() + 40 (QtCore + 2933224) [0x108b6a1e8] 3
                                                                            1   -[NSAutoreleasePool drain] + 129 (Foundation + 212481) [0x7fff21169e01] 3
                                                                              1   _CFAutoreleasePoolPop + 22 (CoreFoundation + 270816) [0x7fff203ce1e0] 3
                                                                                1   objc_autoreleasePoolPop + 161 (libobjc.A.dylib + 33598) [0x7fff201b433e] 3
                                                                                  1   AutoreleasePoolPage::releaseUntil(objc_object**) + 167 (libobjc.A.dylib + 152477) [0x7fff201d139d] 3
                                                                                    1   -[NSImageArrayRepProvider dealloc] + 22 (AppKit + 10344965) [0x7fff235c3a05] 3
                                                                                      1   -[__NSSingleObjectArrayI dealloc] + 57 (CoreFoundation + 288952) [0x7fff203d28b8] 3
                                                                                        1   -[NSCGImageSnapshotRep dealloc] + 28 (AppKit + 1837167) [0x7fff22da686f] 3
                                                                                          1   _CFRelease + 244 (CoreFoundation + 1359090) [0x7fff204d7cf2] 3
                                                                                            1   image_finalize + 50 (CoreGraphics + 466122) [0x7fff24f4ecca] 3
                                                                                              1   free + 0 (libsystem_malloc.dylib + 8380) [0x7fff2013c0bc] (running) 3
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 82019) [0x10ed75063] 4
                                                                          1   -[NSView lockFocusIfCanDraw] + 192 (AppKit + 3148046) [0x7fff22ee690e] 4
                                                                            1   CGContextCreateWithDelegateAndInfo + 162 (CoreGraphics + 123234) [0x7fff24efb162] 4
                                                                              1   CGGStackCreateWithGState + 20 (CoreGraphics + 124453) [0x7fff24efb625] 4
                                                                                1   _malloc_zone_malloc + 118 (libsystem_malloc.dylib + 114174) [0x7fff20155dfe] 4
                                                                                  1   szone_malloc_should_clear + 66 (libsystem_malloc.dylib + 10131) [0x7fff2013c793] 4
                                                                                    1   tiny_malloc_should_clear + 971 (libsystem_malloc.dylib + 15192) [0x7fff2013db58] (running) 4
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 82362) [0x10ed751ba] 5
                                                                          1   _CFRelease + 244 (CoreFoundation + 1359090) [0x7fff204d7cf2] 5
                                                                            1   image_finalize + 50 (CoreGraphics + 466122) [0x7fff24f4ecca] 5
                                                                              1   CGNotificationCenterPostNotification + 67 (CoreGraphics + 466637) [0x7fff24f4eecd] 5
                                                                                1   pthread_mutex_lock + 52 (libsystem_pthread.dylib + 7627) [0x7fff20310dcb] (running) 5
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 82417) [0x10ed751f1] 6
                                                                          1   -[NSImage initWithCGImage:size:] + 312 (AppKit + 1592070) [0x7fff22d6ab06] 6
                                                                            1   -[NSCGImageSnapshotRep initWithCGImage:drawingRect:applicableForRect:context:hints:] + 314 (AppKit + 1592437) [0x7fff22d6ac75] 6
                                                                              1   -[NSSnapshotContextSignature initWithDrawingRect:applicableForRect:context:hints:] + 461 (AppKit + 1592983) [0x7fff22d6ae97] 6
                                                                                1   +[NSAppearance currentAppearance] + 14 (AppKit + 179856) [0x7fff22c11e90] 6
                                                                                  1   __NSAppKitGetThreadSpecificData + 89 (AppKit + 73111) [0x7fff22bf7d97] (running) 6
                                                                        1   ??? (libqcocoa.dylib + 83880) [0x10ed757a8] 7
                                                                          1   QMacAutoReleasePool::~QMacAutoReleasePool() + 40 (QtCore + 2933224) [0x108b6a1e8] 7
                                                                            1   -[NSAutoreleasePool drain] + 129 (Foundation + 212481) [0x7fff21169e01] 7
                                                                              1   _CFAutoreleasePoolPop + 22 (CoreFoundation + 270816) [0x7fff203ce1e0] 7
                                                                                1   objc_autoreleasePoolPop + 161 (libobjc.A.dylib + 33598) [0x7fff201b433e] 7
                                                                                  1   AutoreleasePoolPage::releaseUntil(objc_object**) + 167 (libobjc.A.dylib + 152477) [0x7fff201d139d] 7
                                                                                    1   -[NSImageArrayRepProvider dealloc] + 22 (AppKit + 10344965) [0x7fff235c3a05] 7
                                                                                      1   -[__NSSingleObjectArrayI dealloc] + 87 (CoreFoundation + 288982) [0x7fff203d28d6] 7
                                                                                        1   free_tiny + 442 (libsystem_malloc.dylib + 25081) [0x7fff201401f9] 7
 
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Reply #1 - Nov 16th, 2020 at 11:00am

Dmitrii Sukhomlinov   Offline
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Hello
The problem on the newest macOS version is reproducible, we know about it, but, as far as Big Sur was released just several days ago we didn't have time to figure the problem out. Probably, the problem will be fixed in the closest version, which will be released up at the end of the year.
 

Best regards,
Dmitrii Sukhomlinov,
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Reply #2 - Nov 16th, 2020 at 3:36pm

viet   Offline
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Thank you very much Dmitrii Sukhomlinov wrote on Nov 16th, 2020 at 11:00am:
Hello
The problem on the newest macOS version is reproducible, we know about it, but, as far as Big Sur was released just several days ago we didn't have time to figure the problem out. Probably, the problem will be fixed in the closest version, which will be released up at the end of the year.

 
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