Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Сквозной поиск по отдельным ридам (Read 165 times)
Dec 12th, 2020 at 2:53am

OP   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
Уважаемые коллеги!
Имеется набор ридов. Как осуществить поиск коротких последовательностей сквозь все риды, не сливая все риды в один контиг. На выходе хотелось бы иметь перечень ридов, содержащих искомую последовательность.
Заранее спасибо за ответы.
 
IP Logged
 
Reply #1 - Dec 14th, 2020 at 2:29pm

Dmitrii Sukhomlinov   Offline
YaBB Administrator
Russia

Gender: male
Posts: 40
*****
 
Добрый день
Во вложении прикладываю вам схему для Дизайнера вычислительных схем. Откройте ее в UGENE, в самый первый элемент "Read Sequence" добавьте все последовательности, по которым вы хотите осуществить поиск (количество файлов не ограничено), а у элемента "Find Pattern" либо укажите вручную искомый паттерн (Pattern(s)), либо путь к последовательности с паттернами (Pattern file). После этого запустите схему и получите необходимый вам результат.
 

Best regards,
Dmitrii Sukhomlinov,
UGENE team.
IP Logged
 
Reply #2 - Dec 21st, 2020 at 6:51pm

OP   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
Дмитрий, спасибо за помощь!
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1