UGENE home page

Поcледние выпуски подкаста

Подкаст UGENE — это серия обучающих англоязычных видеоматериалов о нашем продукте.
Она включает в себя полезную информацию об использовании UGENE, а также содержит
ответы на популярные вопросы пользователей. Если вы хотите видеть новые выпуски
первыми и в высоком High Definition качестве, просто подпишитесь на наш
канал на YouTube или на RSS!
Оставляйте комментарии к клипам на YouTube или пишите запросы на нашем форуме,
чтобы мы ответили на ваш вопрос в видео-формате!

Вы можете скачать заинтересовавшее вас видео.
Для просмотра скаченного видео-файла может быть использован QuickTime Player
и другие проигрыватели, поддерживающие MPEG4.

 

#50: Что нового в UGENE 1.20 и 1.21?

Основные изменения в новых версиях программы:



#49: Что нового в UGENE 1.18 и 1.19?

Основные изменения в новых версиях программы:

  • Редактор последовательностей: Упрощена возможность конфигурации видимости различных компонентов редактора последовательностей.
  • Редактор множественных выравниваний: Добавлена возможность копирования участка выравнивания в формате RichText (HTML).
  • NGS: Инструмент SPAdes для de novo сборки ридов был обновлен до версии 3.6.0.
  • В программе улучшена поддержка HiDPI мониторов.
  • Повышение удобства: добавлена поддержка вставки документа в проект с помощью Ctrl+V. Поддержка вставки документов в UGENE с помощью Ctrl+V была расширена. Например, помимо текстовых данных, вы теперь можете использовать URL файла, чтобы добавить его в UGENE.
  • ПЦР in silico добавлена возможность экспортировать продукт вместе с аннотациями оригинальной последовательности.
  • Редактор последовательностей: улучшен экспорт изображения последовательности — появились дополнительные опции, добавлена возможность экспортировать различные компоненты, улучшен экспорт в формат SVG.
  • Были оптимизированы некоторые случаи обработки больших данных в UGENE.



#48: Что нового в UGENE 1.17?

Основные изменения в новой версии программы:

  • Пересчет регионов в квалификаторах после редактированияпоследовательности
  • Редактор множественных выравниваний:

    • Выравнивание последовательностей на существующее выравнивание
    • Экспорт множественного выравнивания в векторный формат SVG
    • Копирование региона в выбранном формате (Ctrl+Shift+C)
  • Новая выслительная схема: ПЦР in silico
  • Новая выслительная схема: поиск пересечений аннотаций
  • Повышение удобства: изменяемый размер панели опций



#47: Что нового в UGENE 1.16?

Основные изменения в новой версии программы:

1. Расширенный и удобный поиск в проекте

2. Повышение удобства:

а) Возможность регулировки размера окна редактора последовательностей

б) Упорядоченное отображение пунктов меню "Инструменты"

3. Конструктор вычислительных схем: автоматическая генерация имён выходных файлов

4. Выравнивание и фильтрация по качеству сангеровских ридов

5. Секвенирование нового поколения (NGS):

а) Фильтрация ридов по качеству с помощью FastQC

б) Аннотирование вариаций с помощью SnpEff

6. Редактор множественных выравниваний: подсветка оснований в зависимости от уровня консервативности

7. Поддержка последовательностей в формате Vector NTI



#46: Что нового в UGENE 1.15?

Основные изменения в новой версии программы:

  • Быстрый поиск в последовательности без создания аннотаций
  • ПЦР in silico
  • Секвенирование нового поколения (NGS):

    • Spades de novo ассемблер
    • Экспорт покрытия данных ассемблирования
    • Примеры вычислительных схем для фмльтрации сырых NGS данных
  • Круговой обзор и круговые последовательности:

    • Поддержка всех алгоритмов для круговых последовательностей: ORF, сайты рестрикции, BLAST и д.т.
    • Настройки визуализации кругового обзора
  • Общее хранилище данных:

    • Поддержка общих баз данных в конструкторе вычислительных схем
  • Повышение удобства:

    • Стартовая страница
    • Запоминание настроек панели опций



#45: Методы построения филогенетических деревьев

Это видео о методах построения филогенетичесикз деревьев при помощи UGENE.



#44: Обзорный график в редакторе выравниваний

Этот эпизод покажет вам как пользоваться обзорным графиком в редакторе выравниваний.

По умолчанию обзорный график повторяет график консенсуса, но показывает весь график целиком. Используя обзорный график вы можете видеть регионы выравнивания, где последовательности имеют различия, а также легко передвигаться по выравниванию.



#43: Что нового в UGENE 1.14?

Основные изменения в новой версии программы:

  • Контекстная справка и документация:

  • Общее хранилище данных: позволяет хранить и совместно использовать данные в лаборатории. Более подробно смотреть тут.
  • Редактор множественных выравниваний:

    • Доступен обзор («overview») для множественного выравнивания. Имеется множество опций его конфигурации.
    • Добавлена возможность экспорта консенсуса.
  • Филогения:

    • Интегрирован PhyML Maximum Likelihood.
    • Добавлена возможность выбирать другой корень дерева.
  • Круговые молекулы: появилась возможность помечать последовательность как круговую. Эта метка учитывается при поиске паттерна в последовательности – результаты, проходящие через ноль, также находятся.
  • Авто-аннотирование плазмид: добавлен режим автоматического аннотирования плазмид (нахождение промоторов, праймеров и т.п.)
  • Экспорт изображений: был улучшен экспорт изображений, в частности, множественных выравниваний и круговых молекул.
  • Секвенирование нового поколения (NGS):

    • Интегрирован инструмент BWA-MEM для выравнивания коротких последовательностей. BWA-MEM доступен как в диалоге, так и в качестве элемента в дизайнере вычислительных схем.
    • Добавлены вычислительные элементы для сортировки, слияния, фильтрации и обрезания данных секвенирования (для данных, хранящихся в форматах BAM и FASTQ).
  • Публичное хранилище данных UGENE: к хранилищу можно обращаться из UGENE. В настоящий момент оно содержит часто используемые геномы (человека, мыши и др.) и набор плазмид.
  • Была добавлена заставка при загрузке программы.


#42: Совместное использование биоинформационных данных в лаборатории

Это видео о возможности UGENE, которая позволяет совместное использование биоинформационных данных.

Совместное использованиме данных может быть полезным в лаборатории для обмена и синхронизации различных биоинформационных объектов (последовательностей, аннотаций, множественных выравниваний, филогенетических деревьев, данных секвенировани и т. д.)

Когда данные секвенирования находятся в общем доступе, только необходимая в данный момент их часть загружается на компьютер. Это сохраняет время исследователя и пространство на компьютере.

Это видео также о публичном хранилище данных, которое содержится в UGENE. Это хранилище открыто только для чтения и включает основные часто используемые данные.

Смотрите также: http://ugene.unipro.ru/shared-db.html



#41: Потоковый анализ данных секвенирования

Это видео содержит обзор о потоковом анализе данных секвенирования: "Variant Calling with SAMtools", "RNA-seq Analysis with Tuxedo", and "ChIP-seq Analysis with Cistrome".

Это инструменты, которые позволяют пользователю настроить потоковый анализ и исследовать результаты удобным образом.

Чтобы использовать описанные возможности вам нужно скачать NGS пакет, который включает все инструменты.

Для разных операционных систем это:

— Windows: SAMtools, Cistrome

— Mac OS X: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

— Linux: SAMtools, Tuxedo, Cistrome



#40: Что нового в UGENE 1.13?

В версии UGENE 1.13 появилось множество новых функциональностей, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

  • DAS: данная функциональность может быть использована для аннотирования неизвестной протеиновой последовательности. Анализ происходит в два этапа. На первым этапе для исследуемой последовательности находятся гомологи (для этого используется Uniprot BLAST). На втором этапе аннотации выбранных гомологов загружаются на оригинальную исследуемую последовательность с помощью баз данных распределенной системы аннотирования (Distributed Annotation System или DAS).
  • Интерфейс для поиска в NCBI Genbank: поиск ДНК и протеиновых последовательностей в NCBI GenBank, не выходя из UGENE.
  • Bowtie2: добавлен интерфейс для сборки коротких последовательностей (ридов) с помощью инструмента "Bowtie2".
  • Таблица кодонов: чтобы посмотреть подсказку по кодонам, нaходясь в редакторе последовательностей, используйте горячие клавиши "Ctrl+T".
  • Множественные выравнивания: добавлен новый формат PHYLIP.
  • Сборки ридов: формат ACE открывается теперь в обозревателе сборок (Assembly Browser).
  • Анализ NGS данных: была оптимизирована работа вычислительной схемы для поиска вариаций с помощью SAMtools ("Call variant with SAMtools").
  • Дизайнер вычислительных схем (Workflow Designer): было добавлено множество нового фунционала и мелких улучшений.

    • Использование общего репозитория для хранения выходных данных
    • Сохранение истории запусков схем (результаты запусков отображаются в «dashboard»)
    • Настройка истории запусков
    • Повторный запуск схемы из «dashboard»
    • Остановка выполнения схемы по некоторому условию, возможность просмотра промежуточных данных выполнения схемы.



#39: Что нового в UGENE 1.12?

В версии UGENE 1.12 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

  • Добавлена новая сущность 'Datasets' в Дизайнере вычислительных схем вместо параметров URL, которая облегчает работу с входными файлами и папками
  • В редактор множественного выравнивания добавлены алгоритмы парного выравнивания и подсвечивания последовательностей
  • Assembly Browser позволяет экспортировать вариации с консенсусом в форматах VCF4 и Simple SNP
  • Интеграция с BioMart: дополнения для веб-браузеров (Mozilla Firefox и Google Chrome)


#38: Что нового в UGENE 1.11?

В версии UGENE 1.11 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

  • В редактор последовательностей была добавлена панель опций.
  • В обозреватель сборок была добавлена возможность работы с консенсусной последовательностью.
  • В дизайнер вычислительных схем добавлены новые элементы "Мультиплексор" и "Группировка".
  • Была встроена, как внешний инструмент, программа Spidey для выравнивания mRNA на геном.
  • Доступна 64-битная версия UGENE для Windows.


#37: Что нового в UGENE 1.10?

Новый релиз включает множество усовершенствований: новые модули, расширения функциональности, различные улучшения и исправления.

Краткий список наиболее важных новвоведений и улучшений:

  • Новые возможности инструмента для работы с данными секвенирования Assembly Browser:

    • Добавлен новый виджет Coverage Graph для работы с данными секвенирования в Assembly Browser, отображающий точное покрытие последовательности в каждой позиции.
    • Созданы дополнительные способы цветового кодирования коротких последовательностей: визуализация прямой/обратной цепей, парных ридов, и другие.
  • Появилась возможность работы с последовательностями произвольного размера (> 2 Гб) на настольных компьютерах с ограниченным объемом памяти.
  • Созданы элементы для маркировки и фильтрации последовательностей для дизайнера вычислительных схем.
  • В визуализатор последовательностей добавлены графики DNA Flexibility и GC Frame Plot
  • Встроены новые внешние инструменты:

    • MrBayes – построение филогенетических деревьев.
    • Burrows-Wheeler Aligner (BWA) – выравнивание коротких последовательностей (ридов) на референсную последовательность. В отличие от оригинального BWA, работает и для Windows.
  • Также, начиная с этого релиза, UGENE будет распространяться в двух версиях – полной (Full) и стандартной (Standard). Полный пакет UGENE дополнительно содержит набор внешних инструментов и документацию в формате PDF.


#36: Просмотр данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью UGENE Assembly Browser

Данное видео представляет собой введение в новый компонент UGENE Assembly Browser, позволяющий быстро просматривать NGS данные. Текущая версия поддерживает BAM и SAM форматы данных.



#1-49: Полный список выпусков