UGENE home page

История изменений

Версия 1.31.1

В данный релиз включено исправление критической ошибки на выпущенной недавно операционной системе macOS Mojave.

Также исправлены ошибки:

  • при экспорте консенсуса в редакторе данных секвенирования по Сэнгеру,
  • при скачивании последовательности из базы данных Ensembl.
Версия 1.31
В новой версии значительно расширена инфраструктура для анализа данных высокопроизводительного секвенирования (NGS) (замечание: русский перевод для изменений пока не добавлен в графический интерфейс программы, далее подразумевается, что используется английская версия приложения):

  • Контроль качества NGS-данных: добавлен новый инструмент Trimmomatic, позволяющий обрезать адаптерные последовательности Illumina, обрезать концы прочтений по качеству, обрезать прочтения по длине и др.

    Инструмент встроен в виде элемента вычислительных схем и включен в несколько примеров схем (см. ниже, например).

    Для использования Trtimmomatic требуется установить Java Runtime Environment и сконфигурировать путь до «java» в настройках UGENE.

  • Сборка de novo: инструмент SPAdes обновлен до версии 3.12.0. Графический интерфейс UGENE позволяет теперь осуществлять сборку гибридных данных от разных платформ секвенирования, например, сочетать при сборке прочтения Illumina и Oxford Nanopore.

    Несколько примеров вычислительных схем с инструментом SPAdes доступны из главного меню программы «Tools > NGS data analysis > Reads de novo assembly (with SPAdes)».

    При необходимости можно задать другие входные данные для SPAdes. При этом должна быть указана хотя бы одна NGS-библиотека из следующих:

    • Парные (paired-end) / длинные парные (high-quality mate-pairs) / непарные прочтения Illumina или Ion Torrent
    • Прочтения PacBio CCS

    Дополнительно можно задать прочтения PacBio CLR, Oxford Nanopore, Sanger и/или контиги.

    Подробнее см. параметр «Input data» у элемента SPAdes.

    Инструмент SPAdes доступен на операционных системах macOS и Linux 64-бит.

  • Метагеномика: добавлена новая инфраструктура для таксономической классификации NGS-данных, включающая в себя такие инструменты, как Kraken, CLARK, DIAMOND, WEVOTE и др. Для каждого инструмента предоставляются необходимые референсные данные, например, таксономическая информация с NCBI, RefSeq-геномы вирусов, бактерий, человека и др. Для установки/конфигурации инструментов и данных рекомендуется использовать онлайн-инсталлятор UGENE:

    Примеры вычислительных схем доступны из главного меню «Tools > NGS data analysis > Metagenomics classification». В частности, следующая вычислительная схема включает в себя элементы Kraken, CLARK и DIAMOND. Еще один элемент WEVOTE объединяет результаты, полученные от этих инструментов.

    Помимо классификации, для каждого инструмента встроен элемент, позволяющий генерировать соответствующую базу данных (см., например, элемент «Build Kraken Database«).

    Обратите внимание, что расчеты необходимо запускать на достаточно мощном компьютере с оперативной памятью по крайней мере 8 Гб. Пакет, включающий все данные, займет на диске примерно 230-240 Гб (подробнее см. данную страницу). Т. к. в примеры вычислительных схем включены инструменты Trimmomatic и FastQC, требуется установить на компьютере Java Runtime Environment и сконфигурировать путь до «java» в настройках UGENE. Инструменты доступны на операционных системах macOS and Linux 64-бит.

  • Транскриптомика: добавлен новый инструмент StringTie для сборки транскриптов. Инструмент интегрирован, как элемент вычислительной схемы. Еще один элемент «StringTie Gene Abundance Report» позволяет генерировать общий отчет для нескольких входных NGS-библиотек.

    Следующая вычислительная схема доступна из главного меню «Tools > NGS data analysis > RNA-Seq data analysis»:

    В данной схеме необходимо создавать новый «Dataset» для каждого образца (т. е., например, для пары FASTQ-файлов)!

    Обратите внимание, что инструменты StringTie и TopHat доступны на операционных системах macOS и Linux 64-бит. Для запуска инструментов Trimmomatic и FastQC tools необходимо установить Java Runtime Environment и сконфигурировать путь до «java» в настройках UGENE.

Версия 1.30
Данная версия преимущественно содержит исправления ошибок.

Также изменился подход к выделению аннотаций в редакторе последовательностей: для выделения аннотации вместе с соответствующим участком последовательности используйте двойной щелчок мыши. Одинарный щелчок мыши выделяет только аннотацию.

Помимо этого, рамка выделения стала заметнее:

См. полный список изменений.

Версия 1.28.1
Версия содержит следующие изменения:

  • добавлен новый режим редактирования последовательности, cпособ изменения аннотаций при этом можно настроить в диалоге, доступном из главного меню Операции -> Редактирование -> Изменение аннотаций при редактировании последовательности;
  • добавлен новый режим отображения трансляций нуклеотидной последовательности;
  • появилась возможность изменять размер выделенного участка в редакторе последовательности и редакторе выравниваний;
  • изменился вид по умолчанию детального представления последовательности: рамки считывания скрыты;
  • стало возможным уменьшать вертикальный размер детального представление последовательности до высоты символов последовательности;
  • исправлена подсветка символов расширенного алфавита в редакторе данных секвенирования по Сэнгеру;
  • исправлены другие ошибки.

Подробнее про указанные функции можно прочитать в следующих главах документации (на английском языке):

См. также полный список изменений.

Версия 1.28.1
Версия содержит следующие изменения:

  • доработка алгоритма выравнивания прочтений по Сэнгеру с учетом отзывов пользователей,
  • исправление критической ошибки поиска по аминокислотным трансляциям нуклеотидной последовательности,
  • исправление мелких ошибок и другие улучшения.

См. также полный список изменений.

Версия 1.28.0
Версия содержит следующие изменения:

  • поддержка формата Vector NTI/AlignX,
  • улучшение алгоритма выравнивания прочтений последовательностей по Сэнгеру,
  • исправление ошибок, мелкие улучшения.

См. также полный список изменений.

Версия 1.27.0
Версия содержит следующие изменения:

  • добавлен новый модуль для обработки данных секвенирования по Сэнгеру, включающий в себя функции:
    • выравнивание прочтений на референсную последовательность,
    • визуализация выровненных прочтений с хроматограммами,
    • редактирование данных,
    • экспорт результатов;
  • исправление ошибок, мелкие улучшения.

См. также полный список изменений.

Версия 1.26.3
Версия 1.26.2
Версия 1.26.1
Версия 1.26.0
Версия 1.25.0
Версия 1.24.0
Версия 1.23.0
Версия 1.22.0
Версия 1.21.0
Версия 1.20.0
Версия 1.19.0
Версия 1.18.0
Версия 1.17.0
Версия 1.16.1
Версия 1.16.2
Версия 1.16.1
Версия 1.16.0
Версия 1.15.1
Версия 1.15.0
Версия 1.14.2
Версия 1.14.1
Версия 1.14.0
Версия 1.13.3
Версия 1.13.2
Версия 1.13.1
Версия 1.13.0
Версия 1.12.3
Версия 1.12.1
Версия 1.12.2
Версия 1.12.1
Версия 1.12.0
Версия 1.11.5
Версия 1.11.4
Версия 1.11.3
Версия 1.11.2
Версия 1.11.1
Версия 1.11.0
Версия 1.10.4
Версия 1.10.3
Версия 1.10.2
Версия 1.10.1
Версия 1.10
Версия 1.9.8
Версия 1.9.7
Версия 1.9.6
Версия 1.9.5
Версия 1.9.4

Новые возможности, улучшения, исправления

  • Конструктор элементов для использования внешних инструментов в Дизайнере вычислительных схем
  • Сборка длинных ридов ДНК с помощью CAP3
  • Улучшенное определение форматов данных
  • Просмотрищк BAM файлов: улучшенный расчет покрытия, интеграция со встроеными программами выравнивания
  • Экспорт данных NGS: конвертация BAM в SAM
  • Новый модуль: расчет флексибильности последовательностей ДНК
  • Полный список доступен в баг трэкере.
Версия 1.9.3

Новые возможности, улучшения, исправления

  • Новый модуль: редактор NGS данных Assembly Browser
  • Отображение последовательностей: добавлена возможность по управлению количеством отображаемых аннотаций
  • Круговой вид ДНК: добавлен удобный элемент управления — карта рестрикционных сайтов
  • Модуль Phylip: добалена поддержка bootstrap для филогенетических деревьев
  • Визуализатор 3D моделей: добавлена поддержка структурного выравнивания
  • Добавлена автоматическая подсветка открытых рамок считывания

Полный список доступен в баг трэкере.

Версия 1.9.2
  • Улучшена производительность UGENE Genome Aligner
  • Добавлены новые элементы: запись и слияние аннотаций
  • Конструктор Вычислительных Схем: запуск вычислительных схем прозводится в отдельных процессах
  • Конструктор Вычислительных Схем: в поиска Смита-Ватермана добавлена поддержка файлов в формате FASTA в качестве поискового запроса
  • Конструктор Вычислительных Схем: добален элемент HMM
  • Конструктор Запросов: добавлена подержка конфигурации цепи ДНК (прямая или комплементарная) в запросах
  • Конструктор Запросов: добавлены вомзожности по автоматичской подвсветке ферментов рестрикции.
  • Исправлена ошибка с удаленными запросами к NCBI CDD
  • Исправлена ошибка с экспортом проекта
  • и другие исправления…

Полный список доступен в баг трэкере.

Версия 1.9.1
  • Круговой вид: добавлено масштабирование
  • Исправлен экспорт комплементарных аннотаций
  • Редактор множественного выравнивания: исправления интерфейса
  • Конструктор Вычислительных Схем: исправлены подсказки элементов
  • Конструктор Вычислительных Схем: улучшения графического интерефейса
  • Конструктор Вычислительных Схем: добавлен элемент для загрузки данных из удаленных БД
  • Конструктор Запросов: добавлена поддержка направления стрэнда
  • Поддрежан новый формат: pDRAW
  • Добавлена возомжность экспотритровать группу аннотаци или всю таблицу в CSV
  • Клонирование in silico: добавлена возможность редактирования фрагментов
  • Клонирование in silico: аннотирование фрагментов в новой молекуле
  • Клонирование in silico: исправлены ошибки конструирования новой молекулы
  • и другие исправления…
Версия 1.9.0

Новые возможности, улучшения, исправление ошибок

  • Клонирование in silico: разбивка на фрагменты и сшивка
  • Новый инструмент: Конструктор запросов
  • Поддержка внешних программ: BLAST+
  • Поддержка внешних программ: TCoffee
  • Добавлена поддержка OpenCL для Linux и Windows
  • Улучшена система журналирования
  • Добавлена система всплывающих напоминаний
  • Несколько исправлений в экспорте аннотаций
  • Исправлено поведение редактора последовательностей
  • Улучшено распознавание кольцевых последовательностей
  • Добавлен инструмент «Замена последовательности»
  • Редактор множественного выравнивания: экспорт нуклеотидных выравниваний в аминокислотные
  • Редактор множественного выравнивания: обратно-комплементированные последовательности
  • Genome Aligner: сохранение индекса во внешнем файле
  • Конструктор вычислительных схем: новый текстовый формат схем
  • DotPlot: добавлен режимы увеличения
  • DotPlot: улучшено выделение
  • Улучшена обработка исключительных ситуаций
  • Подсветка активного документа во вкладке проект
  • Исправлен экспорт 3′-5′ аннотаций
  • Исправлен отчёт о поиске аннотаций BLAST
  • Исправлены проблемы в модуле поддержки внешних программ
  • и многое другое…
Версия 1.8.0

Новые возможности и улучшения:

  • Поддержка внешних программ: Blast;
  • Поддержан новый формат: MEGA;
  • Новая улучшенная система плагинов;
  • Поддержка больших файлов( более 1 Гб) в сборке контигов.
  • Улучшения инструментов командой строки: подробная система справки и диагностика ошибок;
  • Исправлены падения во время построения молекулярных поверхностей для больших макромолекул;
  • Множественные улучшения Конструктора вычислительных схем;
  • Улучшена обработка исключительных ситуаций.
Версия 1.7.2

Новые возможности и улучшения:

  • Запуск вычислительных задач на серверах Amazon EC2.
  • Поддержка сторонних приложений: теперь в UGENE можно использовать инструменты множественного выравнивания Clustal and Mafft.
  • Поддержка скриптинга для тонкой настройки сценариев Workflow Designer.
  • Добавлена поддержка нового формата: Nexus
  • Документация UGENE переработана и улучшена.
  • Редактор множественного выравнивания: удаление столбцов с относительным числом пропусков;
  • DotPlot: поиск обратных повтор, изменение масштаба, синхронизация с последовательностью;
  • Переименование последовательностей, экспорт последовательностей с аннотациями;
Версия 1.7.1

Новые модули и возможности:

  • Визуальный анализ гомологов — модуль DotPlot .
  • Поддержка формата SAM, а также импорт значений качества PHRED для последовательностей ДНК;
  • Продвинутый анализ хроматограм: обратные и компмлементарные хроматограмы, синхронное отображение;
  • Новые опции инструментов для сборки контигов: BowTie и UGENE Genome Aligner;
  • Пакетный режим работы для анализа последовательностей, основанного на весовых матрицах;
  • Новые сценарии для дизайнера вычислительных схем, еще больше возможностей для использования UGENE как утилиты командой строки.
Версия 1.7.0

Новые модули и возможности:

  • Переименование: congene -> ugene, ugene -> ugeneui
  • Новый модуль: выравнивание геномов;
  • Новый модуль: bowtie;
  • Добавлен функционал сборки контигов;
  • Добавлена поддержка частотных и весовых матриц;
  • Редактор множественного выравнивания: добавлен новый режим увеличения;
  • Улучшен модуль Circular view.
  • К просмотровщику последовательностей добавлен просмотр панорамы;
  • Интеграция с JASPAR и UniPROBE.
  • Добавлено лого выравнивания.
  • Улучшен консольный интерфейс.
  • Конструктор схем: добавлена поддержка консольного режима.
  • Переработан модуль удалённых запросов.
  • В импорте CSV добавлен скриптинговый фреймворк.
  • Переработан просмотровщик деревьев, добавлены новые режимы.
Версия 1.6.2

Новые модули и возможности:

  • Новый модуль: Circular view;
  • Модуль экспорта: добавлена функция обратной трансляции;
  • Реализован функционал импорта аннотаций из CSV;
  • MSA Editor: добавлен режим консенсуса, улучшен интерфейс;
  • Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев;
  • Конструктор схем: добавлена возможность удалённого запуска заданий;
  • Рестрикционные энзимы: теперь возможно создание пользовательских баз в формате BAIROCH;
  • Доступен для скачивания бинарный дистрибутив для Linux;
  • И многое другое…
Версия 1.6.1

Новые модули и возможности:

  • KAlign: новый модуль для расчета множественного выравнивания, основанный на известном алгоритме; отличается высокой производительностью ( работает даже быстрее чем MUSCLE!) и аккуратностью;
  • Поддержка нового формата: GFF;
  • Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев: поддержка формата Newick;
  • Модуль Phylip: поддержка опций при расчете матрицы дистанций;
  • Поддержка прокси с аутентификацией.

Исправления:

  • Алгоритм Смита-Ватермана работает корректно при вызове из графической оболочки;
  • В модуле MUSCLE улучшено управление памятью;
  • Исправлена ошибка с некорректным удалением документов из Project View;
  • Улучшено распознавание форматов;
  • и многое другое…
Версия 1.6.0

Новые модули:

  • Модуль Phylip для построения филогенетических деревьев. Основан на оригинальном пакете Phylip 3.6.
    • Использует алгоритм Neighbor Joining для построения деревьев;
    • Включены возможности по визуализации деревьев;
    • Интеграция с редактором множественных выравниваний.
  • Поддержка распределенных вычислений в UGENE
    • Удаленное выполнение задач на сторонних комьютерах;
    • Запуск HMMER3, Smith-Waterman, MUSCLE на удаленных машинах.

Улучшения:

  • Поиск тандемных повторов;
  • Поддержка переносимости файла проекта;
  • Экспорт проекта;
  • Интеграция с удаленными базами данных: NCBI, PDB, Swiss Prot;
  • Визуализация биополимеров: режим стерео просмотра;
  • и многое, многое другое…
Версия 1.5.2

Новые модули:

  • MUSCLE 4 — интеграция новейшего инструмента для множественного выравнивания, автор которого — Robert C. Edgar;
  • Адаптер CUDA — технический модуль, позволяющий использовать для вычислений видеокарты с поддержкой CUDA (только для Windows).

Новая функциональность и исправления:

  • Пользователи Windows могут опробовать оптимизированный для CUDA алгоритм Смита-Ватермана;
  • Добавлена одна из наиболее ожидаемых возможностей — редактирование последовательностей;
  • Закончена интеграция пакета Primer 3 — теперь доступен полный набор настроек и параметров;
  • Добавлена возможность экспорта аннотаций в CSV;
  • Добавлены новые блоки в конструктор схем: «Запрос к удаленным БД» и «Извлечение аннотированных регионов»;
  • Введена возможность сбора статистической информации об использовании UGENE (подробнее расскажет диалог, возникающий при первом запуске);
  • HMM3 теперь поддерживает модели построенные с помощью HMM2;
  • В модуль поиска энзимов рестрикции добавлен фильтр по числу результатов поиска;
  • «Фантомные» документы теперь уничтожаются при закрытии проекта;
  • В диалоге предсказания вторичной структуры исправлено неверное поведение селекторов региона;
  • Исправлено некорректное поведение в параллельном режиме алгоритмов предсказания вторичной структуры, Primer3, парсера PDB-файлов;
  • Серьезная ошибка затрагивающая пользователей Fedora Linux исправлена в алгоритме PSIPRED.
Версия 1.5.1

Новые модули:

  • BALL — добавляет новые типы молекулярных поверхностей в модуль просмотра трехмерных моделей UGENE;

Новая функциональность и исправления:

  • Добавлена возможность сохранения изображений множественного выравнивания и аннотированной последовательности (удобно для публикаций и печати);
  • Исправлена критическая ошибка в congene;
  • Исправлена критическая ошибка при попытке запуска HMM3 с моделями HMM2;
  • Исправлена критическая ошибка при запуске нескольких задач Primer3 параллельно;
  • Запрос к удаленным БД теперь стабилен на ОС Linux;
  • Восстановлен пропавший алгоритм Смита-Ватермана;
  • Задачи Primer3 теперь можно отменять;
  • В модуль просмотра 3D-моделей добавлен выбор цвета выделения;
  • Небольшое исправление внесено в отображение аннотированной последовательности;
Версия 1.5

Новые модули:

  • HMM3 — новейший набор инструментов для работы с HMM-профайлами основанный на HMMER3;
  • Primer3 — интегрированный инструмент Primer3 для подбора ПЦР-праймеров;
  • GOR IV и PSIPRED — модули предсказания вторичной структуры белков;
  • congene — консольная версия UGENE, позволяющая запускать вычислительные схемы из командной строки;

Новая функциональность и исправления:

  • Добавлен расчет молекулярных поверхностей;
  • Добавлена загрузка документов из баз данных PDB, Uniprot, Swissprot;
  • Добавлена возможность создания нового документа;
  • Улучшено редактирование аннотаций;
  • Исправлены критические ошибки наведенные из Qt 4.5.0;
  • В распараллеленный алгоритм MUSCLE внесены исправления, предотвращающие мертвую блокировку.
Версия 1.4.2

Улучшения и исправления ошибок:

  • Теперь редактор множественного выравнивания поддерживает операции «Отменить» и «Повторить»;
  • Исправлено поведение поиска по множественному выравниванию в случае разного регистра текста;
  • Добавлены новые фильтры в поиск SITECON;
  • Добавлена поддержка файлов CLUSTAL X;
  • Алгоритм Смита-Ватермана теперь работает еще более точно;
  • Исправлены ошибки параллельного вычисления в MUSCLE;
  • Исправлены некоторые ошибки совместимости с Qt 4.5.0;
  • А также множество других улучшений и исправлений.
Версия 1.4.1

Улучшения и исправления ошибок:

  • Добавлена поддержка различных цветовых схем в редактор выравнивания;
  • Добавлена блокировка камеры для нескольких трехмерных моделей;
  • Просмотр последовательности оптимизирован для работы с гигантским количеством аннотаций (вплоть до 1 миллиона);
  • Теперь аннотации могут быть подписаны как именем, так и значениями квалификаторов.
  • Включен по умолчанию показ графиков качества хроматограммы для файлов ABIF;
  • Исправлен ряд ошибок стабильности и совместимости в модулях BLAST, MUSCLE и HMMER;
  • А также множество прочих улучшений и исправлений.
Версия 1.4.0

Новая функциональность:

  • Новый модуль: «Smith-Waterman». Наиболее полная реализация алгоритма Смита-Ватермана выравнивания последовательностей;
  • Новый модуль: «Restriction Enzymes». Маркирует ферменты рестрикции в последовательности. Поддерживает формат файлов базы данных REBASE;
  • Новый модуль: «Repeat Finder». Ищет прямые и обратные повторы. Оптимизирован для быстрой работы с большими строками;
  • Новый модуль: «DNA Stat». Удобные для экспорта и публикаций статистические отчеты;
  • Конструктор схем: добавлена визуализация процесса исполнения схемы;
  • Конструктор схем: добавлены примеры реальных схем;
  • Конструктор схем: теперь можно изменять размер блоков, привязывать блоки к сетке, настраивать цвета и шрифты;
  • Редактор выравнивания: добавлен показ смещений для каждой последовательности в выравнивании;
  • Редактор выравнивания: добавлен поиск по выравниванию;
  • Просмотр последовательности: добавлена блокировка масштаба и синхронизация между многими последовательностями;
  • Просмотр последовательности: добавлена поддержка произвольного числа шкал обзора;
  • Просмотр 3D: добавлен экспорт изображений в векторный формат (SVG);
  • Просмотр 3D: добавлен поиск текущего файла по Web-ресурсам;
  • Управление проектом: добавлены новые режимы отображения — группировка по типам объектов, выключение группировки;
  • Управление проектом: для незагруженных документов показываются содержащиеся в них объекты;
  • Производительность: теперь UGENE позволяет выбирать число используемых процессорных ядер, памяти и одновременных потоков;
  • Модуль DNA Export: добавлен экспорт выравниваний в формат FASTA;
  • Поддержаны новые форматы файлов: FASTQ, MMDB;
  • Добавлена возможность индексирования больших файлов (> 10 Гб) для быстрого доступа к их содержимому;
  • Добавлена поддержка произвольных схем оформления пользовательского интерфейса.

Улучшения и исправления ошибок:

  • Модуль MUSCLE: одна из фаз алгоритма оптимизирована для работы на многоядерных процессорах;
  • Модуль HMMER: внедрена оптимизация алгоритма использующая SSE2 инструкции;
  • Модуль HMMER: hmmsearch оптимизирован для многоядерных процессоров (ускорение до 30 раз на четырехядерном процессоре с использованием SSE2);
  • Модуль SITECON: >50 новых прокариотических профилей для поиска транскрипционных факторов сайтов связывания;
  • Большинство диалогов и окон стали значительно удобнее и быстрее;
  • Конструктор схем: теперь дополнительная информация о входных данных (ID в базе данных и т. д.) сохраняется на всех этапах вычислений.
  • Конструктор схем: добавлено более интеллектуальное обращение с выходными данными — возможность перезаписывать либо добавлять информацию в конец файла.
  • Управление проектом: добавлена возможность копирования и удаления документов;
  • Создание аннотаций: теперь новые аннотации могут быть добавлены в новую таблицу аннотаций, которая будет автоматически загружена.
  • Редактор выравнивания: добавлено изменение масштаба;
  • Просмотр 3D: добавлено отображение нескольких моделей;
Версия 1.3.3

Улучшения и исправления ошибок:

  • Исправлена наведенная из Qt 4.4 ошибка отображения трехмерных моделей на ОС Linux;
  • Исправлена ошибка именования групп в случае вложенных групп;
  • Форматы ABI и SCF теперь поддерживаются более полно;
  • Отныне в именах аннотаций допускается использование символа ‘z’;
  • Улучшена производительность отображения дерева аннотаций;
  • Исправлен выбор региона для алгоритма SITECON;
  • Исправлена критическая ошибка в конструкторе схем при запуске нескольких итераций;
  • Теперь для коротких строк не содержащих символов ‘U’ и ‘T’ по умолчанию выбирается алфавит DNA вместо RNA;
  • Теперь для форматов Genbank и FASTA допускаются символы табуляции;
  • Бинарный пакет UGENE для дистрибутива Ubuntu разбит на две части в силу требований к пакетам попадающим в официальный репозиторий.
Версия 1.3.2

Улучшения и исправления ошибок:

  • Исправлена ошибка не позволявшая открывать несколько окон на 64-битных системах;
  • Исправлено аварийное завершение программы при открытии нескольких трехмерных моделей в одном окне;
  • Исправлено аварийное завершение при открытии файла ABI с коротким именем сэмпла;
  • Добавлен пункт меню «Проверить обновления»;
  • Исправлено аварийное завершение при выборе комплементарного стренда для протеиновых последовательностей в диалоге «Поиск подстрок»;
  • Исправлено ассоциирование объекта хроматограммы для форматов ABI и SCF;
  • Исправлено автоопределение таблицы трансляции для формата PDB;
  • Улучшен внешний вид надписей на ОС Linux и Mac OS;
  • Улучшено поведение операции «Добавить объект в окно».
Версия 1.3

Новая функциональность:

  • Поддержка ОС Linux. Выпущены пакеты для Ubuntu и Fedora;
  • Новый модуль: Workflow Designer. Позволяет конструировать новые вычислительные процессы;
  • Новый модуль: SITECON. Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов;
  • Новый модуль: BioStruct3D. Визуализация трехмерных моделей из файлов PDB;
  • Поддержаны новые форматы: PDB и Stockholm;
  • Добавлена поддержка множества сиквенсов в окне просмотра последовательности;
  • Добавлена сортировка по значениям квалификаторов;
  • Значения квалификаторов ‘db_xref’ сделаны ссылками на соответствующие базы данных;
  • Теперь можно прятать транслированные и комплементарные строки;
  • Поддержаны локализации — теперь в поставку UGENE входят русский и английский языки;
  • Сделана поддержка отчетов о выполнении вычислительных задач;

Улучшения и исправления ошибок:

  • Теперь в строке статуса показывается процент выполнения текущих задач;
  • Исправлен ряд критических ошибок в модуле MUSCLE;
  • Параметры по умолчанию модуля HMMER приведены в соответствие с параметрами оригинального HMMER;
  • Отключены избыточные сообщения лога;
  • Поддержан Drag&drop для всех типов файлов распознаваемых UGENE;
  • >100 небольших исправлений и улучшений производительности и интерфейса.
Версия 1.2

Новая функциональность:

  • Поддержка Mac OS 10.5 и 10.4;
  • Создан редактор множественного выравнивания;
  • Новый модуль: ORF Marker. Маркирует открытые рамки считывания;
  • Новый модуль: ChromaView. Модуль добавляет возможность просмотра хроматограмм;
  • Новый модуль: Remote request: Аннотирует выбранные регионы с помощью запросов к удаленным базам данных BLASTn, BLASTp и CDD. Может быть расширен для использования с другими сервисами с помощью скриптов;
  • Новый модуль: UMUSCLE. Добавляет в систему алгоритм выравнивания MUSCLE.
  • Внедрена прозрачная поддержка файлов на удаленных HTTP ресурсах;
  • Внедрена поддержка произвольных скриптов для выполнения запросов подобных BLAST/CDD. Биндинги для всех GUI/Utility классов из Qt;
  • Модуль DNAGraphPack поддерживает 4 новых типа графиков: GC & AT отклонения, Karlin Signature Difference и информационная энтропия;
  • Теперь пользователю доступны для выбора любые таблицы трансляций;
  • Добавлена поддержка формата SCF;
  • Добавлена поддержка незагруженных документов, без удаления их из проекта.

Улучшения и исправления ошибок:

  • При установке на Windows, UGENE ассоциирует с собой все поддерживаемые типы файлов;
  • Улучшена интеграция модуля uHMMER с окном просмотра последовательности и редактором выравнивания;
  • Модуль DNAGraphPack plugin now shows interval based graphs for large zooms to keep min/max information precise.
  • Добавлена поддержка Drag&Drop между окном аннотаций и окном проекта;
  • А также множество прочих улучшений и исправлений интерфейса, производительности и совместимости.
Версия 1.1

Новая функциональность:

  • Поддержка форматов EMBL, ABI, CLUSTALW;
  • Добавлены новые опции загрузки документов. Эту возможность удобно использовать для слияния нескольких последовательностей из входного файла в одну;
  • Новый модуль: uHMMER. Интегрированные инструменты hmmsearch, hmmbuild и hmmcalibrate из пакета HMMER2.3.2;
  • Новый модуль: DNA Export. Позволяет экспортировать выделенные либо аннотированные регионы в FASTA;
  • Добавлена поддержка документов сжатых с помощь GZIP;
  • Новый модуль: DNA Annotator. Позволяет производить поиск по аннотациям.

Улучшения и исправления ошибок:

  • Добавлена возможность множественного выделения аннотаций в дереве;
  • Теперь можно менять цвета, видимость и положение аннотаций;
  • Переработан алгоритм поиска подстрок — исправлен ряд ошибок;
  • Множество улучшений интерфейса и производительности.