Ниже представлены основные возможности продукта:
- Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей.
- Быстрый поиск в последовательности
- Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
- Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, серверы DAS
- Онлайн и локальный BLAST поиск
- ПЦР in silico
- Поиск открытых рамок считывания
- Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE
- Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров
- Аннотирование плазмид
- Клонирование in silico
- Выравнивание на геном с помощью Bowtie, BWA или UGENE Genome Aligner
- Визуализация выравненных коротких прочтений с помощью UGENE Assembly Browser
- Поиск геномных вариаций с помощью SAMtools
- Обработка сырых данных NGS
- Анализ RNA-Seq данных с помощью TopHat и инструментов Cufflinks
- SPAdes de novo ассемблер
- Поиск гомологов с HMMER2 и HMMER3
- Работа с хроматограммами
- Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON
- Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных
- Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана
- Построение филогенетических деревьев (с помощью IQ-TREE, PHYLIP Neighbor Joining, MrBayes или PhyML Maximum Likelyhood) и редактирование деревьев
- Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем
- Сборки контигов (CAP3)
- Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта
- Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED
- Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей
- Выравнивание мРНК (Spidey)
- Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов