UGENE home page

Все выпуски подкаста

Подкаст UGENE — это серия обучающих англоязычных видеоматериалов о нашем продукте. Она включает в себя полезную информацию об использовании UGENE, а также содержит ответы на популярные вопросы пользователей. Если вы хотите видеть новые выпуски первыми и в высоком High Definition качестве, просто подпишитесь на наш канал на YouTube или на RSS! Оставляйте комментарии к клипам на YouTube или пишите запросы на нашем форуме, чтобы мы ответили на ваш вопрос в видео-формате!

Ниже приведен список выпусков подкаста. Чтобы посмотреть описание заинтересовавшего вас выпуска, а также получить ссылку на видео на YouTube нажмите на соответствующую ссылку в списке. Описание выпуска также содержит ссылку для скачивания видео-файла. Для просмотра скаченного видео-файла может быть использован QuickTime Player и другие проигрыватели, поддерживающие MPEG4.

#49 Что нового в UGENE 1.18&1.19?
#48 Что нового в UGENE 1.17?
#47 Что нового в UGENE 1.16?
#46 Что нового в UGENE 1.15?
#45 Методы построения филогенетических деревьев
#44 Обзорный график в редакторе выравниваний
#43 Что нового в UGENE 1.14?
#42 Совместное использование биоинформационных данных в лаборатории
#41 Потоковый анализ данных секвенирования
#40 Что нового в UGENE 1.13?
#39 Что нового в UGENE 1.12?
#38 Что нового в UGENE 1.11?
#37 Что нового в UGENE 1.10?
#36 Просмотр данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью UGENE

Assembly Browser

#35 Основы работы с Дизайнером Запросов
#34 Что нового в UGENE 1.9?
#33 Поиск BLAST и операция FormatDB построения базы данных в UGENE
#32 Что нового в UGENE 1.7.2?
#31 Пользовательские скрипты в Дизайнере Вычислительных Схем
#30 Синтез олигонуклеотидов (праймеров) в UGENE
#29 Что нового в UGENE 1.7.2?
#28 Использование Dotplot для сравнения последовательностей
#27 Поиск тандемов в последовательности ДНК
#26 Использование закладок для сохранения и восстановления состояния

элементов UGENE

#25 Что нового в UGENE 1.7.1?
#24 SITECON: Поиск ССТФ и создание профайлов выравниваний ССТФ
#23 Поиск гомологов протеиновой последовательности с помощью HMMER3
#22 Создание собственной консольной команды (выравнивание MUSCLE с сохранением в различные форматы)
#21 Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью

модуля UGENE Весовые Матрицы

#20 Что нового в UGENE 1.7? Часть 2/2
#19 Что нового в UGENE 1.7? Часть 1/2
#18 Выравнивание профиля с профилем и профиля с последовательностью с помощью MUSCLE в UGENE
#17 Поиск повторов в последовательности ДНК с помощью UGENE
#16 Использование UGENE для просмотра и редактирования хроматограмм
#15 Работа с Open Reading Frames (ORF-ы) в UGENE
#14 Что нового в UGENE 1.6.2?
#13 Создание больших выравниваний в UGENE
#12 Поиск сайтов рестрикции в UGENE
#11 Плагин-визуализатор 3D структур, часть 2: экспорт картинки, представление множества последовательностей
#10 Экспорт последовательностей из файлов PDB в файл FASTA с помощью Дизайнера Вычислительных Схем
#9 Локальное выравнивание последовательности с помощью алгоритма Смита-Ватермана
#8 Плагин-визуализатор 3D структур, часть 1: основные операции
#7 Запрос удалённой базы данных
#6 Запуск удалённой задачи MUSCLE
#5 Работа с аннотациями, часть 2: использование квалификаторов
#4 Работа с аннотациями, часть 1: создание аннотаций
#3 Работа с множественным выравниванием последовательностей, основы
#2 Работа с последовательностью: основные операции, часть 1
#1 Создание множественного выравнивания последовательностей

из файла формата FASTA

 

#49: Что нового в UGENE 1.18&1.19?

Основные изменения в новых версиях программ:

Подкаст UGENE: выпуск #49 на YouTube

Загрузить видео

#48: Что нового в UGENE 1.17?

Основные изменения в новой версии программы:

Подкаст UGENE: выпуск #48 на YouTube

Загрузить видео

#47: Что нового в UGENE 1.16?

Основные изменения в новой версии программы:

1. Расширенный и удобный поиск в проекте

2. Повышение удобства:

а) Возможность регулировки размера окна редактора последовательностей

б) Упорядоченное отображение пунктов меню "Инструменты"

3. Конструктор вычислительных схем: автоматическая генерация имён выходных файлов

4. Выравнивание и фильтрация по качеству сангеровских ридов

5. Секвенирование нового поколения (NGS):

а) Фильтрация ридов по качеству с помощью FastQC

б) Аннотирование вариаций с помощью SnpEff

6. Редактор множественных выравниваний: подсветка оснований в зависимости от уровня консервативности

7. Поддержка последовательностей в формате Vector NTI

Подкаст UGENE: выпуск #47 на YouTube

Загрузить видео

#46: Что нового в UGENE 1.15?

Основные изменения в новой версии программы:

Подкаст UGENE: выпуск #46 на YouTube

Загрузить видео

#45: Методы построения филогенетических деревьев

Это видео о методах построения филогенетичесикз деревьев при помощи UGENE.

Подкаст UGENE: выпуск #45 на YouTube

Загрузить видео

#44: Обзорный график в редакторе выравниваний

Этот эпизод покажет вам как пользоваться обзорным графиком в редакторе выравниваний.

По умолчанию обзорный график повторяет график консенсуса, но показывает весь график целиком. Используя обзорный график вы можете видеть регионы выравнивания, где последовательности имеют различия, а также легко передвигаться по выравниванию.

Подкаст UGENE: выпуск #44 на YouTube

Загрузить видео

#43: Что нового в UGENE 1.14?

Основные изменения в новой версии программы:

Подкаст UGENE: выпуск #43 на YouTube

Загрузить видео

#42: Совместное использование данных в лаборатории?

Это видео о возможности UGENE, которая позволяет совместное использование биоинформационных данных.

Совместное использованиме данных может быть полезным в лаборатории для обмена и синхронизации различных биоинформационных объектов (последовательностей, аннотаций, множественных выравниваний, филогенетических деревьев, данных секвенировани и т. д.)

Когда данные секвенирования находятся в общем доступе, только необходимая в данный момент их часть загружается на компьютер. Это сохраняет время исследователя и пространство на компьютере.

Это видео также о публичном хранилище данных, которое содержится в UGENE. Это хранилище открыто только для чтения и включает основные часто используемые данные.

Смотрите также: http://ugene.unipro.ru/shared-db.html

Подкаст UGENE: выпуск #42 на YouTube

Загрузить видео

#41: Потоковый анализ данных секвенирования

Это видео содержит обзор о потоковом анализе данных секвенирования: "Variant Calling with SAMtools", "RNA-seq Analysis with Tuxedo", and "ChIP-seq Analysis with Cistrome".

Это инструменты, которые позволяют пользователю настроить потоковый анализ и исследовать результаты удобным образом.

Чтобы использовать описанные возможности вам нужно скачать NGS пакет, который включает все инструменты.

Для разных операционных систем это:

— Windows: SAMtools, Cistrome

— Mac OS X: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

— Linux: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

Подкаст UGENE: выпуск #41 на YouTube

Загрузить видео

#40: Что нового в UGENE 1.13?

В версии UGENE 1.13 появилось множество новых функциональностей, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

Подкаст UGENE: выпуск #40 на YouTube

Загрузить видео

#39: Что нового в UGENE 1.12?

В версии UGENE 1.12 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

​​Подкаст UGENE: выпуск #39 на YouTube

Загрузить видео

#38: Что нового в UGENE 1.11?

В версии UGENE 1.11 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

Подкаст UGENE: выпуск #38 на YouTube

Загрузить видео

#37: Что нового в UGENE 1.10?

Новый релиз включает множество усовершенствований: новые модули, расширения функциональности, различные улучшения и исправления.

Краткий список наиболее важных новвоведений и улучшений:

Подкаст UGENE: выпуск #37 на YouTube
Загрузить видео

#36: Просмотр данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью UGENE Assembly Browser

Данное видео представляет собой введение в новый компонент UGENE Assembly Browser, позволяющий быстро просматривать NGS данные. Текущая версия поддерживает BAM и SAM форматы данных.

Подкаст UGENE: выпуск #36 на YouTube
Загрузить видео
Загрузить zip-архив с примером BAM-файла и референсной последовательностью

#35: Основы работы с Дизайнером Запросов

Этот видеоматериал содержит основы работы с Дизайнером Запросов.

Узнайте, как с помощью Дизайнера Запросов совместить работу различных алгоритмов с целью поиска сложных шаблонов на последовательности.

UGENE podcast: episode #35 on YouTube
Загрузить видео

#34: Что нового в UGENE 1.9?

Данный выпуск начинает новую серию видеоматериалов нашего подкаста и посвящён новой, свежей версии пакета UGENE. В этом видео вы найдёте обзор множества новых возможностей UGENE, включая такие важные, как:

В следующих выпусках все новые возможности будут подробно описаны.

Мы надеемся, что вам понравятся UGENE 1.9 и наши видеоматериалы!

Подкаст UGENE: выпуск #34 на YouTube
Загрузить видео

#33: Поиск BLAST и операция FormatDB построения базы данных в UGENE

Поиск BLAST и построение пользовательской базы данных BLAST теперь можно выполнить в UGENE с помощью модуля Поддержки Внешних Инструментов. Посмотрев это видео, вы узнаете, как это сделать, и как использовать элемент „Локальный поиск BLAST“ Дизайнера Вычислительных Схем.

Подкаст UGENE: выпуск #33 на YouTube
Загрузить видео

#32: Что нового в UGENE 1.7.2?

Узнайте о новых возможностях и улучшениях UGENE 1.8, посмотрев это видео! При работе над UGENE версии 1.8.0, наша команда сконцентрировала свои силы на повышении стабильности и надёжности программного проекта, что вылилось в исправление более чем 100 проблемных случаев. Изменения:

Подкаст UGENE: выпуск #32 на YouTube
Загрузить видео

#31: Пользовательские скрипты в Дизайнере Вычислительных Схем

В этом видео зритель возвращается к инновационному Дизайнеру Вычислительных Схем UGENE. Некоторые параметры элементов могут быть вычислены в скрипте на основе значений входных параметров. Познакомьтесь с рабочим примером в этом видео!

Подкаст UGENE: выпуск #31 на YouTube
Загрузить видео

#30: Синтез олигонуклеотидов (праймеров) в UGENE

Данное видео содержит введение в синтез олигонуклеотидов в UGENE.

Подкаст UGENE: выпуск #30 на YouTube
Загрузить видео

#29: Что нового в UGENE 1.7.2?

Инструмент UGENE версии 1.7.2 позволяет:

Также данная версия программного пакета содержит важное нововведение в систему распределённых вычислений UGENE. Чтобы узнать больше об этих новых возможностях, посмотрите это видео.

Подкаст UGENE: выпуск #29 (часть 1) на YouTube
Загрузить видео
Подкаст UGENE: выпуск #29 (часть 2) на YouTube
Загрузить видео

#28: Использование Dotplot для сравнения последовательностей

Dotplot позволяет графически сравнивать две биологические последовательности между собой, определяя области схожести. В этом видео вы найдёте пример сравнения последовательностей с помощью модуля Dotplot и анализ особенностей, найденных на построенном графике.

Подкаст UGENE: выпуск #28 на YouTube
Загрузить видео

#27: Поиск тандемов в последовательности ДНК

UGENE предоставляет быстрый и экономный к памяти способ поиска тандемных повторов. Вы можете использовать его для определения родства или для других задач.

Подкаст UGENE: выпуск #27 на YouTube
Загрузить видео

#26: Использование закладок для сохранения и восстановления состояния элементов UGENE

В UGENE вы можете сохранять и восстанавливать состояния объектов, используя механизм закладок. В данном выпуске мы сохраним и загрузим состояния представлений объектов, содержащихся в файле PDB.

Подкаст UGENE: выпуск #26 на YouTube
Загрузить видео

#25: Что нового в UGENE 1.7.1?

Мы рады представить вам следующее видео из серии „Что нового в UGENE?", посвящённое выходу ноовго UGENE версии 1.7.1!

Добавленные возможности:

Подкаст UGENE: выпуск #25 на YouTube
Загрузить видео

#24: SITECON: Поиск ССТФ и создание профайлов выравниваний ССТФ

Модуль UGENE SITECON представляет собой программный пакет для поиска потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ). Пакет разработан в Институте Цитологии и Генетики СО РАН.

В данном видео показано как использовать SITECON для поиска ССТФ в последовательности ДНК и как создавать собственные профайлы ССТФ для использования в дальнейших поисках.

Подкаст UGENE: выпуск #24 на YouTube
Загрузить видео

#23: Поиск гомологов протеиновой последовательности с помощью HMMER3

Сегодняшней темой будут инструменты HMMER3, импортированные в UGENE. Целью такого импорта было предоставление широкой аудитории пользователей высокопроизводительного совместимого с оригинальным HMMER решения. Приглашаем посмотреть руководство.

Подкаст UGENE: выпуск #23 на YouTube
Загрузить видео

#22: Создание собственной консольной команды (выравнивание MUSCLE с сохранением в различные форматы)

Данное руководство показывает, как можно легко создать собственную консольную команду в UGENE и затем использовать её.

Подкаст UGENE: выпуск #22 на YouTube
Загрузить видео

#21: Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью модуля UGENE Весовые Матрицы

Сегодня мы рассмотрим новый модуль Весовые Матрицы, который позволяет искать сайты связывания транскрипционных факторов и создавать и сохранять весовые и частотные матрицы позиций.

Подкаст UGENE: выпуск #21 на YouTube
Загрузить видео

#20: Что нового в UGENE 1.7? Часть 2/2

Во второй части мы рассмотрим новые модули, добавленные в UGENE: модуль Сборки ДНК, модуль Весовых Матриц и модуль Запроса к удалённой базе данных. Также рассматривается поддержка формата GFF.

Подкаст UGENE: выпуск #20 на YouTube
Загрузить видео

#19: Что нового в UGENE 1.7? Часть 1/2

Это второе видео из серии "Что нового в UGENE?", посвящённое выходу UGENE версии 1.7. Ролик состоит из двух частей. В первой части мы рассмотрим существенные улучшения модуля Круговой Вид, добавленную к представлению последовательности Панораму, новый мощный интерфейс коммандной строки и механизм скриптов.

Подкаст UGENE: выпуск #19 на YouTube
Загрузить видео

#18: Выравнивание профиля с профилем и профиля с последовательностью с помощью MUSCLE в UGENE

Помимо создания множественного выравнивания с помощью MUSCLE и KAlign, пользователи UGENE имеют возможность выравнивать два уже существующих выравнивания, состоящих из связанных последовательностей, что также называется "выравнивание профиля с профилем". Также возможно выравнивать множество последовательностей с профилем в UGENE. Сегодня мы рассмотрим оба этих случая.

Подкаст UGENE: выпуск #18 на YouTube
Загрузить видео

#17: Поиск повторов в последовательности ДНК с помощью UGENE

Сегодня мы займёмся поиском повторов в последовательности ДНК. Есть множество опций такого поиска, и в этом выпуске мы рассмотрим их все.

Подкаст UGENE: выпуск #17 на YouTube
Загрузить видео

#16: Использование UGENE для просмотра и редактирования хроматограмм

UGENE позволяет визуализировать хроматограммы и редактировать входящие в них последовательности. Как это сделать? Ищите ответы в этом видео.

Подкаст UGENE: выпуск #16 на YouTube
Загрузить видео

#15: Работа с Open Reading Frames (ORF-ы) в UGENE

Этот выпуск посвящён поиску ORF-ов с помощью UGENE. Рассмотрены и объяснены все опции такого поиска.

Подкаст UGENE: выпуск #15 на YouTube
Загрузить видео

#14: Что нового в UGENE 1.6.2?

Сегодня мы представляем вам особый выпуск подкаста. В нём мы узнаем о том, что нового появилось в последней версии UGENE, которая была выпущена на этой неделе и имеет номер 1.6.2.

Подкаст UGENE: выпуск #14 на YouTube
Загрузить видео

#13: Создание больших выравниваний в UGENE

Сегодня мы обсудим создание больших выравниваний последовательностей с помощью двух плагинов UGENE: MUSCLE и KAlign, включая выравнивания, содержащие более 100,000 последовательностей.

Подкаст UGENE: выпуск #13 на YouTube
Загрузить видео

#12: Поиск сайтов рестрикции в UGENE

В UGENE вы можете искать сайты рестрикции в последовательности ДНК. Сегодня мы воспользуемся плагином Сайтов Рестрикции для осуществления такого поиска.

Подкаст UGENE: выпуск #12 на YouTube
Загрузить видео

#11: Плагин-визуализатор 3D структур, часть 2: экспорт картинки, представление множества последовательностей

Мы продолжаем работать с плагином-визуализатором трёхмерных структур, который отображает 3D-структуры из фалов PDB и MMDB форматов.

Подкаст UGENE: выпуск #11 на YouTube
Загрузить видео

#10: Экспорт последовательностей из файлов PDB в файл FASTA с помощью Дизайнера Вычислительных Схем

В UGENE вы можете создавать и выполнять сложные вычислительные алгоритмы. Сегодня мы реализуем экспорт ста последовательностей из файлов формата PDB в файл формата FASTA с помощью компонента UGENE Дизайнер Вычислительных Схем, представляющего собой гибкий и интуитивно понятный интсрумент.

Подкаст UGENE: выпуск #10 на YouTube
Загрузить видео

#9: Локальное выравнивание последовательности с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Сегодня мы воспользуемся алгоритмом Смита-Ватермана для выполнения локального выравнивания последовательности, т.е. для определения схожих областей двух нуклеотидных или протеиновых последовательностей. Today we will use Smith-Waterman algorithm to perform a local sequence alignment, which means determining similar regions between two nucleotide or protein sequences.

Подкаст UGENE: выпуск #9 на YouTube
Загрузить видео

#8: Плагин-визуализатор 3D структур, часть 1: основные операции

В этом выпуске мы увидим, как UGENE работает с форматами данных, содержащими трёхмерные макромолекулярные структуры, такими как PDB и MMDB.

Подкаст UGENE: выпуск #8 на YouTube
Загрузить видео

#7: Запрос удалённой базы данных

Где найти данные для работы в UGENE? Подходящим решением могут оказаться удалённые базы данных, содержащие большое число последовательностей, выравниваний, 3Д структур и т.д. В этом выпуске мы рассмотрим удалённые базы данных.

Подкаст UGENE: выпуск #7 на YouTube
Загрузить видео

#6: Запуск удалённой задачи MUSCLE

UGENE позволяет проводить распределённые вычисления. Это возможно с помощью системы удалённых задач. Вы можете выполнить задачу на любой машине, на которой запущен UGENE с поддержкой данного типа задач и которая доступна по локальной сети или Интернету.

Подкаст UGENE: выпуск #6 на YouTube
Загрузить видео

#5: Работа с аннотациями, часть 2: использование квалификаторов

В этот раз мы подробнее остановимся на аннотациях, добавим к ним квалификаторы и посмотрим как можно проводить сортировку аннотаций по значениям квалификаторов.

Подкаст UGENE: выпуск #5 на YouTube
Загрузить видео

#4: Работа с аннотациями, часть 1: создание аннотаций

В четвёртом выпуске мы покажем,как работать с аннотациями в UGENE. Также в видео рассказано как сохранять отдельные файлы проекта или весь проект, включая связи между файлами.

Подкаст UGENE: выпуск #4 на YouTube
Загрузить видео

#3: Работа с множественным выравниванием последовательностей, основы

Как выглядит множественное выравнивание последовательностей? Какие операции с ним можно проводить? Мы узнаем это в третьем выпуске подкаста о UGENE.

Подкаст UGENE: выпуск #3 на YouTube
Загрузить видео

#2: Работа с последовательностью: основные операции, часть 1

Во втором выпуске мы продолжаем работу с последовательностями в UGENE, свободно распространяемом кросс-платформенном программном комлпексе для анализа геномов. В нём мы открываем файл формата GenBank, изучаем аннотации и графический интерфейс UGENE.

Подкаст UGENE: выпуск #2 на YouTube
Загрузить видео

#1: Создание множественного выравнивания последовательностей из файла формата FASTA

В этом выпуске вы научитесь основным приёмам работы с контейнерами последовательностей FASTA и создадите множественное выравнивание последовательностей.

Подкаст UGENE: выпуск #1 на YouTube
Загрузить видео