Все выпуски подкаста
Подкаст UGENE — это серия обучающих англоязычных видеоматериалов о нашем продукте. Она включает в себя полезную информацию об использовании UGENE, а также содержит ответы на популярные вопросы пользователей. Если вы хотите видеть новые выпуски первыми и в высоком High Definition качестве, просто подпишитесь на наш канал на YouTube. Оставляйте комментарии к клипам на YouTube или пишите запросы на нашем форуме, чтобы мы ответили на ваш вопрос в видео-формате!
#49: Что нового в UGENE 1.18&1.19?
Основные изменения в новых версиях программ:
- Редактор последовательностей: Упрощена возможность конфигурации видимости различных компонентов редактора последовательностей.
- Редактор множественных выравниваний: Добавлена возможность копирования участка выравнивания в формате RichText (HTML).
- NGS: Инструмент SPAdes для de novo сборки ридов был обновлен до версии 3.6.0.
- В программе улучшена поддержка HiDPI мониторов.
- Повышение удобства: добавлена поддержка вставки документа в проект с помощью Ctrl+V. Поддержка вставки документов в UGENE с помощью Ctrl+V была расширена. Например, помимо текстовых данных, вы теперь можете использовать URL файла, чтобы добавить его в UGENE.
- ПЦР in silico добавлена возможность экспортировать продукт вместе с аннотациями оригинальной последовательности.
- Редактор последовательностей: улучшен экспорт изображения последовательности — появились дополнительные опции, добавлена возможность экспортировать различные компоненты, улучшен экспорт в формат SVG.
- Были оптимизированы некоторые случаи обработки больших данных в UGENE.
#48: Что нового в UGENE 1.17?
Основные изменения в новой версии программы:
- Пересчет регионов в квалификаторах после редактированияпоследовательности
-
Редактор множественных выравниваний:
- Выравнивание последовательностей на существующее выравнивание
- Экспорт множественного выравнивания в векторный формат SVG
- Копирование региона в выбранном формате (Ctrl+Shift+C)
- Новая выслительная схема: ПЦР in silico
- Новая выслительная схема: поиск пересечений аннотаций
- Повышение удобства: изменяемый размер панели опций
#47: Что нового в UGENE 1.16?
Основные изменения в новой версии программы:
1. Расширенный и удобный поиск в проекте
2. Повышение удобства:
а) Возможность регулировки размера окна редактора последовательностей
б) Упорядоченное отображение пунктов меню "Инструменты"
3. Конструктор вычислительных схем: автоматическая генерация имён выходных файлов
4. Выравнивание и фильтрация по качеству сангеровских ридов
5. Секвенирование нового поколения (NGS):
а) Фильтрация ридов по качеству с помощью FastQC
б) Аннотирование вариаций с помощью SnpEff
6. Редактор множественных выравниваний: подсветка оснований в зависимости от уровня консервативности
7. Поддержка последовательностей в формате Vector NTI
#46: Что нового в UGENE 1.15?
Основные изменения в новой версии программы:
- Быстрый поиск в последовательности без создания аннотаций
- ПЦР in silico
-
Секвенирование нового поколения (NGS):
- Spades de novo ассемблер
- Экспорт покрытия данных ассемблирования
- Примеры вычислительных схем для фмльтрации сырых NGS данных
-
Круговой обзор и круговые последовательности:
- Поддержка всех алгоритмов для круговых последовательностей: ORF, сайты рестрикции, BLAST и д.т.
- Настройки визуализации кругового обзора
-
Общее хранилище данных:
- Поддержка общих баз данных в конструкторе вычислительных схем
-
Повышение удобства:
- Стартовая страница
- Запоминание настроек панели опций
#45: Методы построения филогенетических деревьев
Это видео о методах построения филогенетичесикз деревьев при помощи UGENE.
#44: Обзорный график в редакторе выравниваний
Этот эпизод покажет вам как пользоваться обзорным графиком в редакторе выравниваний.
По умолчанию обзорный график повторяет график консенсуса, но показывает весь график целиком. Используя обзорный график вы можете видеть регионы выравнивания, где последовательности имеют различия, а также легко передвигаться по выравниванию.
#43: Что нового в UGENE 1.14?
Основные изменения в новой версии программы:
-
Контекстная справка и документация:
- С текущей версии программы в каждом диалоге UGENE будет доступна кнопка Help, позволяющая перейти в соответствующий раздел документации UGENE (необходим доступ к Интернету).
- Для хранения документации используется система Atlassian Confluence, что, по сравнению с предыдущей системой, позволяет эффективнее искать в документации необходимую информацию.
- Общее хранилище данных: позволяет хранить и совместно использовать данные в лаборатории. Более подробно смотреть тут.
-
Редактор множественных выравниваний:
- Доступен обзор («overview») для множественного выравнивания. Имеется множество опций его конфигурации.
- Добавлена возможность экспорта консенсуса.
-
Филогения:
- Интегрирован PhyML Maximum Likelihood.
- Добавлена возможность выбирать другой корень дерева.
- Круговые молекулы: появилась возможность помечать последовательность как круговую. Эта метка учитывается при поиске паттерна в последовательности – результаты, проходящие через ноль, также находятся.
- Авто-аннотирование плазмид: добавлен режим автоматического аннотирования плазмид (нахождение промоторов, праймеров и т.п.)
- Экспорт изображений: был улучшен экспорт изображений, в частности, множественных выравниваний и круговых молекул.
-
Секвенирование нового поколения (NGS):
- Интегрирован инструмент BWA-MEM для выравнивания коротких последовательностей. BWA-MEM доступен как в диалоге, так и в качестве элемента в дизайнере вычислительных схем.
- Добавлены вычислительные элементы для сортировки, слияния, фильтрации и обрезания данных секвенирования (для данных, хранящихся в форматах BAM и FASTQ).
- Публичное хранилище данных UGENE: к хранилищу можно обращаться из UGENE. В настоящий момент оно содержит часто используемые геномы (человека, мыши и др.) и набор плазмид.
- Была добавлена заставка при загрузке программы.
#42: Совместное использование данных в лаборатории?
Это видео о возможности UGENE, которая позволяет совместное использование биоинформационных данных.
Совместное использованиме данных может быть полезным в лаборатории для обмена и синхронизации различных биоинформационных объектов (последовательностей, аннотаций, множественных выравниваний, филогенетических деревьев, данных секвенировани и т. д.)
Когда данные секвенирования находятся в общем доступе, только необходимая в данный момент их часть загружается на компьютер. Это сохраняет время исследователя и пространство на компьютере.
Это видео также о публичном хранилище данных, которое содержится в UGENE. Это хранилище открыто только для чтения и включает основные часто используемые данные.
Смотрите также: Shared Databases in UGENE
#41: Потоковый анализ данных секвенирования
Это видео содержит обзор о потоковом анализе данных секвенирования: "Variant Calling with SAMtools", "RNA-seq Analysis with Tuxedo", and "ChIP-seq Analysis with Cistrome".
Это инструменты, которые позволяют пользователю настроить потоковый анализ и исследовать результаты удобным образом.
Чтобы использовать описанные возможности вам нужно скачать NGS пакет, который включает все инструменты.
Для разных операционных систем это:
— Windows: SAMtools, Cistrome
— Mac OS X: SAMtools, Tuxedo, Cistrome
— Linux: SAMtools, Tuxedo, Cistrome
#40: Что нового в UGENE 1.13?
В версии UGENE 1.13 появилось множество новых функциональностей, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.
Одни из самых важных изменений:
- DAS: данная функциональность может быть использована для аннотирования неизвестной протеиновой последовательности. Анализ происходит в два этапа. На первым этапе для исследуемой последовательности находятся гомологи (для этого используется Uniprot BLAST). На втором этапе аннотации выбранных гомологов загружаются на оригинальную исследуемую последовательность с помощью баз данных распределенной системы аннотирования (Distributed Annotation System или DAS).
- Интерфейс для поиска в NCBI Genbank: поиск ДНК и протеиновых последовательностей в NCBI GenBank, не выходя из UGENE.
- Bowtie2: добавлен интерфейс для сборки коротких последовательностей (ридов) с помощью инструмента "Bowtie2".
- Таблица кодонов: чтобы посмотреть подсказку по кодонам, нaходясь в редакторе последовательностей, используйте горячие клавиши "Ctrl+T".
- Множественные выравнивания: добавлен новый формат PHYLIP.
- Сборки ридов: формат ACE открывается теперь в обозревателе сборок (Assembly Browser).
- Анализ NGS данных: была оптимизирована работа вычислительной схемы для поиска вариаций с помощью SAMtools ("Call variant with SAMtools").
-
Дизайнер вычислительных схем (Workflow Designer): было добавлено множество нового фунционала и мелких
улучшений.
- Использование общего репозитория для хранения выходных данных
- Сохранение истории запусков схем (результаты запусков отображаются в «dashboard»)
- Настройка истории запусков
- Повторный запуск схемы из «dashboard»
- Остановка выполнения схемы по некоторому условию, возможность просмотра промежуточных данных выполнения схемы.
#39: Что нового в UGENE 1.12?
В версии UGENE 1.12 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.
Одни из самых важных изменений:
- Добавлена новая сущность ‘Datasets’ в Дизайнере вычислительных схем вместо параметров URL, которая облегчает работу с входными файлами и папками
- В редактор множественного выравнивания добавлены алгоритмы парного выравнивания и подсвечивания последовательностей
- Assembly Browser позволяет экспортировать вариации с консенсусом в форматах VCF4 и Simple SNP
- Интеграция с BioMart: дополнения для веб-браузеров (Mozilla Firefox и Google Chrome)
#38: Что нового в UGENE 1.11?
В версии UGENE 1.11 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.
Одни из самых важных изменений:
- В редактор последовательностей была добавлена панель опций.
- В обозреватель сборок была добавлена возможность работы с консенсусной последовательностью.
- В дизайнер вычислительных схем добавлены новые элементы "Мультиплексор" и "Группировка".
- Была встроена, как внешний инструмент, программа Spidey для выравнивания mRNA на геном.
- Доступна 64-битная версия UGENE для Windows.
#37: Что нового в UGENE 1.10?
Новый релиз включает множество усовершенствований: новые модули, расширения функциональности, различные улучшения и исправления.
Краткий список наиболее важных новвоведений и улучшений:
-
Новые возможности инструмента для работы с данными секвенирования Assembly Browser:
- Добавлен новый виджет Coverage Graph для работы с данными секвенирования в Assembly Browser, отображающий точное покрытие последовательности в каждой позиции.
- Созданы дополнительные способы цветового кодирования коротких последовательностей: визуализация прямой/обратной цепей, парных ридов, и другие.
- Появилась возможность работы с последовательностями произвольного размера (> 2 Гб) на настольных компьютерах с ограниченным объемом памяти.
- Созданы элементы для маркировки и фильтрации последовательностей для дизайнера вычислительных схем.
- В визуализатор последовательностей добавлены графики DNA Flexibility и GC Frame Plot
-
Встроены новые внешние инструменты:
- MrBayes – построение филогенетических деревьев.
- Burrows-Wheeler Aligner (BWA) – выравнивание коротких последовательностей (ридов) на референсную последовательность. В отличие от оригинального BWA, работает и для Windows.
- Также, начиная с этого релиза, UGENE будет распространяться в двух версиях – полной (Full) и стандартной (Standard). Полный пакет UGENE дополнительно содержит набор внешних инструментов и документацию в формате PDF.
#36: Просмотр данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью UGENE Assembly Browser
Данное видео представляет собой введение в новый компонент UGENE Assembly Browser, позволяющий быстро просматривать NGS данные. Текущая версия поддерживает BAM и SAM форматы данных.
#35: Основы работы с Дизайнером Запросов
Этот видеоматериал содержит основы работы с Дизайнером Запросов.
Узнайте, как с помощью Дизайнера Запросов совместить работу различных алгоритмов с целью поиска сложных шаблонов на последовательности.
#34: Что нового в UGENE 1.9?
Данный выпуск начинает новую серию видеоматериалов нашего подкаста и посвящён новой, свежей версии пакета UGENE. В этом видео вы найдёте обзор множества новых возможностей UGENE, включая такие важные, как:
- Поддержка возможностей клонирования "на компьютере" (компьютерное моделирование),
- Дизайнер Запросов: комплексный инструмент для анализа последовательностей,
- Новый текстовый формат и язык описания схем
- и многое другое.
В следующих выпусках все новые возможности будут подробно описаны.
Мы надеемся, что вам понравятся UGENE 1.9 и наши видеоматериалы!
#33: Поиск BLAST и операция FormatDB построения базы данных в UGENE
Поиск BLAST и построение пользовательской базы данных BLAST теперь можно выполнить в UGENE с помощью модуля Поддержки Внешних Инструментов. Посмотрев это видео, вы узнаете, как это сделать, и как использовать элемент „Локальный поиск BLAST“ Дизайнера Вычислительных Схем.
#32: Что нового в UGENE 1.7.2?
Узнайте о новых возможностях и улучшениях UGENE 1.8, посмотрев это видео! При работе над UGENE версии 1.8.0, наша команда сконцентрировала свои силы на повышении стабильности и надёжности программного проекта, что вылилось в исправление более чем 100 проблемных случаев. Изменения:
- Добавлена поддержка внешнего Blast: создание базы данных и поиск;
- Улучшены Дизайнер Вычислительных Схем и интерфейс командной строки UGENE;
- Добавлена поддержка нового формата: MEGA;
- Добавлена поддержка больших (более гигабайта) файлов в модуле Сборки Контигов;
- Введён программный интерфейс приложения для системы модулей (для использования разработчиками).
#31: Пользовательские скрипты в Дизайнере Вычислительных Схем
В этом видео зритель возвращается к инновационному Дизайнеру Вычислительных Схем UGENE. Некоторые параметры элементов могут быть вычислены в скрипте на основе значений входных параметров. Познакомьтесь с рабочим примером в этом видео!
#30: Синтез олигонуклеотидов (праймеров) в UGENE
Данное видео содержит введение в синтез олигонуклеотидов в UGENE.
#29: Что нового в UGENE 1.7.2?
Инструмент UGENE версии 1.7.2 позволяет:
- использовать внешние инструменты прямо из UGENE,
- разрабатывать ваши собственные элементы в Дизайнере Вычислительных Схем,
- использовать улучшенный Dotplot,
- загружать руководство пользователя UGENE и использовать формат файлов NEXUS.
Также данная версия программного пакета содержит важное нововведение в систему распределённых вычислений UGENE. Чтобы узнать больше об этих новых возможностях, посмотрите это видео.
#28: Использование Dotplot для сравнения последовательностей
Dotplot позволяет графически сравнивать две биологические последовательности между собой, определяя области схожести. В этом видео вы найдёте пример сравнения последовательностей с помощью модуля Dotplot и анализ особенностей, найденных на построенном графике.
#27: Поиск тандемов в последовательности ДНК
UGENE предоставляет быстрый и экономный к памяти способ поиска тандемных повторов. Вы можете использовать его для определения родства или для других задач.
#26: Использование закладок для сохранения и восстановления состояния элементов UGENE
В UGENE вы можете сохранять и восстанавливать состояния объектов, используя механизм закладок. В данном выпуске мы сохраним и загрузим состояния представлений объектов, содержащихся в файле PDB.
#25: Что нового в UGENE 1.7.1?
Мы рады представить вам следующее видео из серии „Что нового в UGENE?", посвящённое выходу ноовго UGENE версии 1.7.1!
Добавленные возможности:
- Модуль Dotplot для визуализации и сравнения последовательностей
- Улучшенный анализ хроматограмм
- Поддержка файловых форматов SAM и «показатели качества ДНК Phred»
- Новые схемы для модуля Сборки Контигов в Дизайнере Вычислительных Схем, новые консольные команды и опции
- Пакетная обработка для весовых матриц
- Улучшенный поиск Сайтов Рестрикции (включая опцию „круговая последовательность“)
- Оптимизация алгоритма Смита-Ватермана при использовании графических процессоров
#24: SITECON: Поиск ССТФ и создание профайлов выравниваний ССТФ
Модуль UGENE SITECON представляет собой программный пакет для поиска потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ). Пакет разработан в Институте Цитологии и Генетики СО РАН.
В данном видео показано как использовать SITECON для поиска ССТФ в последовательности ДНК и как создавать собственные профайлы ССТФ для использования в дальнейших поисках.
#23: Поиск гомологов протеиновой последовательности с помощью HMMER3
Сегодняшней темой будут инструменты HMMER3, импортированные в UGENE. Целью такого импорта было предоставление широкой аудитории пользователей высокопроизводительного совместимого с оригинальным HMMER решения. Приглашаем посмотреть руководство.
#22: Создание собственной консольной команды (выравнивание MUSCLE с сохранением в различные форматы)
Данное руководство показывает, как можно легко создать собственную консольную команду в UGENE и затем использовать её.
#21: Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью модуля UGENE Весовые Матрицы
Сегодня мы рассмотрим новый модуль Весовые Матрицы, который позволяет искать сайты связывания транскрипционных факторов и создавать и сохранять весовые и частотные матрицы позиций.
#20: Что нового в UGENE 1.7? Часть 2/2
Во второй части мы рассмотрим новые модули, добавленные в UGENE: модуль Сборки ДНК, модуль Весовых Матриц и модуль Запроса к удалённой базе данных. Также рассматривается поддержка формата GFF.
#19: Что нового в UGENE 1.7? Часть 1/2
Это второе видео из серии "Что нового в UGENE?", посвящённое выходу UGENE версии 1.7. Ролик состоит из двух частей. В первой части мы рассмотрим существенные улучшения модуля Круговой Вид, добавленную к представлению последовательности Панораму, новый мощный интерфейс коммандной строки и механизм скриптов.
#18: Выравнивание профиля с профилем и профиля с последовательностью с помощью MUSCLE в UGENE
Помимо создания множественного выравнивания с помощью MUSCLE и KAlign, пользователи UGENE имеют возможность выравнивать два уже существующих выравнивания, состоящих из связанных последовательностей, что также называется "выравнивание профиля с профилем". Также возможно выравнивать множество последовательностей с профилем в UGENE. Сегодня мы рассмотрим оба этих случая.
#17: Поиск повторов в последовательности ДНК с помощью UGENE
Сегодня мы займёмся поиском повторов в последовательности ДНК. Есть множество опций такого поиска, и в этом выпуске мы рассмотрим их все.
#16: Использование UGENE для просмотра и редактирования хроматограмм
UGENE позволяет визуализировать хроматограммы и редактировать входящие в них последовательности. Как это сделать? Ищите ответы в этом видео.
#15: Работа с Open Reading Frames (ORF-ы) в UGENE
Этот выпуск посвящён поиску ORF-ов с помощью UGENE. Рассмотрены и объяснены все опции такого поиска.
#14: Что нового в UGENE 1.6.2?
Сегодня мы представляем вам особый выпуск подкаста. В нём мы узнаем о том, что нового появилось в последней версии UGENE, которая была выпущена на этой неделе и имеет номер 1.6.2.
#13: Создание больших выравниваний в UGENE
Сегодня мы обсудим создание больших выравниваний последовательностей с помощью двух плагинов UGENE: MUSCLE и KAlign, включая выравнивания, содержащие более 100,000 последовательностей.
#12: Поиск сайтов рестрикции в UGENE
В UGENE вы можете искать сайты рестрикции в последовательности ДНК. Сегодня мы воспользуемся плагином Сайтов Рестрикции для осуществления такого поиска.
#11: Плагин-визуализатор 3D структур, часть 2: экспорт картинки, представление множества последовательностей
Мы продолжаем работать с плагином-визуализатором трёхмерных структур, который отображает 3D-структуры из фалов PDB и MMDB форматов.
#10: Экспорт последовательностей из файлов PDB в файл FASTA с помощью Дизайнера Вычислительных Схем
В UGENE вы можете создавать и выполнять сложные вычислительные алгоритмы. Сегодня мы реализуем экспорт ста последовательностей из файлов формата PDB в файл формата FASTA с помощью компонента UGENE Дизайнер Вычислительных Схем, представляющего собой гибкий и интуитивно понятный интсрумент.
#9: Локальное выравнивание последовательности с помощью алгоритма Смита-Ватермана
Сегодня мы воспользуемся алгоритмом Смита-Ватермана для выполнения локального выравнивания последовательности, т.е. для определения схожих областей двух нуклеотидных или протеиновых последовательностей. Today we will use Smith-Waterman algorithm to perform a local sequence alignment, which means determining similar regions between two nucleotide or protein sequences.
#8: Плагин-визуализатор 3D структур, часть 1: основные операции
В этом выпуске мы увидим, как UGENE работает с форматами данных, содержащими трёхмерные макромолекулярные структуры, такими как PDB и MMDB.
#7: Запрос удалённой базы данных
Где найти данные для работы в UGENE? Подходящим решением могут оказаться удалённые базы данных, содержащие большое число последовательностей, выравниваний, 3Д структур и т.д. В этом выпуске мы рассмотрим удалённые базы данных.
#6: Запуск удалённой задачи MUSCLE
UGENE позволяет проводить распределённые вычисления. Это возможно с помощью системы удалённых задач. Вы можете выполнить задачу на любой машине, на которой запущен UGENE с поддержкой данного типа задач и которая доступна по локальной сети или Интернету.
#5: Работа с аннотациями, часть 2: использование квалификаторов
В этот раз мы подробнее остановимся на аннотациях, добавим к ним квалификаторы и посмотрим как можно проводить сортировку аннотаций по значениям квалификаторов.
#4: Работа с аннотациями, часть 1: создание аннотаций
В четвёртом выпуске мы покажем,как работать с аннотациями в UGENE. Также в видео рассказано как сохранять отдельные файлы проекта или весь проект, включая связи между файлами.
#3: Работа с множественным выравниванием последовательностей, основы
Как выглядит множественное выравнивание последовательностей? Какие операции с ним можно проводить? Мы узнаем это в третьем выпуске подкаста о UGENE.
#2: Работа с последовательностью: основные операции, часть 1
Во втором выпуске мы продолжаем работу с последовательностями в UGENE, свободно распространяемом кросс-платформенном программном комлпексе для анализа геномов. В нём мы открываем файл формата GenBank, изучаем аннотации и графический интерфейс UGENE.
#1: Создание множественного выравнивания последовательностей из файла формата FASTA
В этом выпуске вы научитесь основным приёмам работы с контейнерами последовательностей FASTA и создадите множественное выравнивание последовательностей.