UGENE Özellikleri
- Nükleik asit ve protein dizileri oluşturma, düzenleme ve açıklama ekleme
- Bir dizide hızlı arama
- Çoklu dizi hizalama: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
- PCR in silico
- Çevrimiçi veri tabanında arama yapın: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, DAS sunucuları
- Yerel ve NCBI Genbank BLAST araması
- Açık okuma çerçeveleri bulucu
- Kısıtlama Entegre REBASE enzimleri listesine sahip kısıtlama enzimi bulucu
- Birleşik Primer3 PCR primer tasarımı için paket
- Plasmid yapısı ve açıklama
- Klonlama vektörleri ile silico da klonlama
- Genome haritaları kısa okumaları için Bowtie, BWA, ve UGENE Genome Hizalayıcı
- Ham NGS veri işleme
- Yeni nesil sıralama verilerinin (BAM dosyaları) görselleştirilmesi UGENE Assembly Browser
- SAMtools ile varyant çağırma
- RNA-seq ile veri analizi Tuxedo pipeline (TopHat, Cufflinks, vb.)
- SPAdes de novo assembler
- HMMER2 ve HMMER3 paket entegrasyonu
- Kromatogram görüntüleyici
- Transkripsiyon faktörü bağlama sitelerini (TFBS) arayın ağırlık matrixi ve SITECON algoritması ile
- DNA dizilerinde doğrudan, ters çevrilmiş ve tandem tekrarları arayın
- Optimize edilmiş Smith-Waterman algoritması ile yerel dizi hizalaması
- İnşa etme (entegre IQ-TREE, PHYLIP Neighbor Joining, MrBayes veya PhyML Maximum Likelyhood) ve filogenetik ağaçları düzenleme
- Çeşitli algoritmaları özel iş akışlarında birleştirmek için UGENE Workflow Designer
- Contigs derlemesi için CAP3
- 3B Yapı görüntüleyici PDB ve MMDB formatlarındaki dosyalar için anaglif görünümü desteği
- GOR IV ve PSIPRED algoritmaları ile protein ikincil yapı tahmini
- Nükleik asit dizileri için nokta grafikleri oluşturma
- mRNA hizalaması Spidey
- UGENE Sorgu Tasarımcısı ile Bir nükleik asit dizisinde çeşitli algoritmaların sonuçlarının bir modelini arayabilirsiniz UGENE Query Designer